结论：公司做法是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，若员工与实际工作公司存在劳动关系，而工资由另一家不关联公司发放，这种做法可能存在法律风险，并不完全合法。

法律分析角度

1. 劳动关系认定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动关系是指劳动者与用人单位之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。若员工实际为A公司工作，但工资由B公司发放，且A、B两公司无关联关系，这可能导致劳动关系认定上的混乱。
   • 在实践中，若员工能证明其实际为A公司提供劳动，并接受A公司的管理，那么即便工资由B公司发放，也可能被认定为与A公司存在劳动关系。

2. 工资支付责任：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 若员工与A公司存在劳动关系，A公司应承担工资支付责任。若A公司通过B公司支付工资，且B公司并非A公司的关联公司或未受A公司委托代发工资，这种做法可能违反工资支付规定。
   • 若B公司未经A公司授权或未与A公司达成代发工资协议，而擅自发放工资，B公司可能面临法律风险，如被认定为不当得利或侵犯A公司财产权等。

3. 税务与社保缴纳：

   • 工资发放涉及个人所得税的代扣代缴以及社会保险的缴纳。若工资由不关联公司发放，可能导致税务和社保缴纳上的混乱，如个人所得税的申报和缴纳可能不符合实际劳动关系，社会保险的缴纳也可能因劳动关系认定不清而出现问题。

实务建议角度

1. 核实劳动关系：

   • 员工应首先核实自己与哪家公司存在劳动关系。这可以通过查看劳动合同、工作证、考勤记录、工作邮件等证据来确认。

2. 要求明确工资支付主体：

   • 若员工确认与A公司存在劳动关系，但工资由B公司发放，员工可以要求A公司明确工资支付主体，并确保工资支付符合法律规定。

3. 维护自身权益：

   • 若员工发现工资支付存在违法违规行为，如拖欠工资、未依法缴纳社会保险等，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序来维护自身权益。

特殊情况说明：

• 若A公司与B公司之间存在合法的代发工资协议，且该协议得到了员工的认可，那么这种工资发放方式可能是合法的。但即便如此，A公司作为用人单位，仍应承担工资支付的主体责任，确保员工的合法权益不受侵害。

总结与建议：

• 通常情况下，若员工与实际工作公司存在劳动关系，而工资由另一家不关联公司发放，这种做法可能存在法律风险。
• 员工应核实自己的劳动关系，并要求明确工资支付主体。若发现工资支付存在违法违规行为，应及时向相关部门投诉或提起法律程序来维护自身权益。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。