结论：民间借贷案件在法院调解后，若借款人已偿还大部分款项，剩余部分未还清，是否重新计算利息取决于调解协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。
一、调解协议中的约定
明确约定无利息：
- 如果调解协议中明确约定，借款人偿还剩余款项时无需支付利息，那么借款人只需按照协议约定的金额和时间偿还剩余款项即可，不会产生额外的利息。
明确约定有利息：
- 如果调解协议中明确约定了剩余款项的利息计算方式和利率，那么借款人需要按照协议约定的利息进行偿还。这种情况下，即使借款人已经偿还了大部分款项，剩余部分仍需按照协议约定的利息进行计算和偿还。
未明确约定利息：
- 如果调解协议中未明确约定剩余款项的利息计算方式和利率，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。但具体是否支付以及支付多少，可能需要根据实际情况和法院的判决来确定。
二、相关法律法规的规定
《中华人民共和国民法典》第六百七十六条：
- 借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。这一条款为逾期利息的支付提供了法律依据。
法院调解书的效力：
- 法院调解书具有法律效力，双方当事人应当履行。如果借款人未按照调解书约定的期限和金额偿还借款，出借人可以向法院申请强制执行。在执行过程中，法院会根据调解书的内容和实际情况来确定借款人应偿还的金额，包括可能的逾期利息。
三、实际操作中的建议
仔细审查调解协议：
- 借款人在签署调解协议前，应仔细审查协议中的各项条款，特别是关于利息计算和偿还方式的约定。确保自己完全理解并同意协议内容后再签署。
及时与出借人沟通：
- 如果借款人在偿还过程中遇到困难或无法按时偿还剩余款项，应及时与出借人沟通并寻求解决方案。避免因为沟通不畅而导致不必要的法律纠纷。
咨询专业律师：
- 如果借款人对调解协议中的条款或相关法律法规有疑问或不确定的地方，可以咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。
举例说明：假设调解协议中约定借款人应在一年内偿还全部借款本金及利息，利率为年利率10%。如果借款人在一年内偿还了大部分款项，但剩余部分未还清，那么根据协议约定，借款人仍需按照年利率10%支付剩余款项的利息。如果协议中未明确约定利息，则可能需要根据实际情况和法院的判决来确定是否支付以及支付多少利息。
最后，如果您在民间借贷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。