针对您提出的“有违法行为是否可以办理行政许可证”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您进行详细解答。
首先，我们需要明确的是，行政许可证的办理必须遵循法律法规的规定，且申请人必须满足相应的条件和要求。如果申请人存在违法行为，特别是与所申请行政许可证相关的违法行为，那么其办理行政许可证的资格将会受到严重影响。
以您提供的普法案例为例，某能源科技公司委托李某某代为办理危险化学品经营许可证，但李某某并未依法申请办理，而是伪造了危险化学品经营许可证交予该公司。这一行为不仅违反了《危险化学品安全管理条例》中关于危险化学品经营许可制度的规定，还涉嫌构成了《中华人民共和国刑法》第二百八十条所规定的伪造国家机关证件罪。在此情况下，行政执法部门依法将李某某的行为移送公安机关调查处理，该公司也因此无法正常开展业务办理。
从这个案例中，我们可以得出以下几点结论：
违法行为会严重影响行政许可证的办理。如果申请人在办理行政许可证过程中存在违法行为，如伪造、变造证件等，那么其办理资格将会被取消，甚至可能面临法律责任。
行政许可证的办理必须依法进行。申请人必须按照法律法规的规定，提交真实、有效的申请材料，并满足相应的条件和要求。
行政执法部门会严格监管行政许可证的办理过程。一旦发现申请人存在违法行为，行政执法部门将会依法进行处理，并可能将涉嫌犯罪的行为移送公安机关调查处理。
因此，如果您存在违法行为，特别是与所申请行政许可证相关的违法行为，那么您将无法办理该行政许可证。为了保障您的合法权益和避免不必要的法律风险，我建议您在办理行政许可证前，务必确保自己符合法律法规的规定和相应的条件要求。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。