针对合作单位反应下属人员不配合的问题，以下是从法律角度及实务操作层面的全面分析与建议：

一、法律层面分析

1. 合同关系与义务界定

   • 核心前提：首先需明确合作单位与下属人员之间是否存在明确的合同关系（如劳动合同、服务合同等），以及合同中是否明确规定了双方的权利义务，特别是下属人员应履行的配合义务。
   • 法律建议：若合同中有明确约定，下属人员不配合可能构成违约。此时，合作单位可依据合同条款要求下属人员履行义务，或寻求法律救济（如要求赔偿损失、解除合同等）。

2. 内部管理规定与纪律处分

   • 核心前提：若下属人员属于合作单位内部员工，还需审查单位内部是否有关于员工配合工作的管理规定或规章制度。
   • 法律建议：根据内部规定，合作单位可对不配合工作的下属人员采取纪律处分措施（如警告、记过、降职、解雇等）。但需注意，纪律处分应合法合规，避免侵犯员工合法权益。

3. 劳动法与员工权益保护

   • 核心前提：在处理下属人员不配合问题时，需特别注意劳动法的相关规定，确保不侵犯员工的合法权益（如劳动报酬权、休息休假权、社会保险权等）。
   • 法律建议：合作单位在采取任何措施前，应确保措施合法合规，避免因违法解除劳动合同或侵犯员工权益而引发劳动争议。

二、实务操作层面建议

1. 沟通与协商

   • 具体操作：合作单位应首先尝试与下属人员进行沟通，了解其不配合的具体原因，并寻求通过协商解决问题。
   • 法律背景：沟通与协商是解决纠纷的首选方式，有助于维护双方关系，避免不必要的法律纠纷。

2. 发送书面通知

   • 具体操作：若沟通无果，合作单位可向下属人员发送书面通知，明确要求其履行配合义务，并告知不履行的法律后果。
   • 法律建议：书面通知应明确、具体，并保留好送达证据，以备后续法律程序使用。

3. 寻求第三方调解

   • 具体操作：若双方仍无法达成一致，可考虑寻求第三方调解机构（如劳动争议调解委员会、行业协会等）的帮助。
   • 法律背景：第三方调解具有中立性、专业性，有助于双方达成公平合理的解决方案。

4. 法律救济途径

   • 具体操作：若下属人员持续不配合，且合作单位认为其行为已构成违约或违反内部规定，可考虑通过法律途径解决（如提起诉讼、申请仲裁等）。
   • 法律建议：在采取法律救济前，应充分评估证据充分性、诉讼成本及风险等因素，确保决策合理合法。

三、预防与应对措施

1. 完善合同条款

   • 具体操作：在签订合同时，应明确约定双方的权利义务，特别是下属人员应履行的配合义务及违约责任。
   • 法律背景：完善的合同条款有助于预防纠纷发生，并在纠纷发生时提供明确的法律依据。

2. 加强内部管理

   • 具体操作：合作单位应建立健全内部管理制度，明确员工职责与义务，加强员工培训与考核。
   • 法律建议：良好的内部管理有助于提升员工配合度，减少不配合现象的发生。

3. 建立纠纷解决机制

   • 具体操作：合作单位可建立内部纠纷解决机制（如设立纠纷调解小组、制定纠纷处理流程等），以便及时、有效地处理纠纷。
   • 法律背景：建立纠纷解决机制有助于快速化解矛盾，维护单位正常运营秩序。

综上所述，针对合作单位反应下属人员不配合的问题，合作单位应从法律层面和实务操作层面进行全面分析，并采取相应的措施。 如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。