核心结论：事假一年未扣工资被审计查出，用人单位可能面临劳动行政处罚、需补扣工资或补缴社保公积金等后果，员工也可能需配合处理或承担部分责任。具体处理需结合事假性质、单位规章制度及劳动合同约定综合判断。以下是详细分析：

1. 用人单位的法律责任

• 违反工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》，员工事假期间用人单位可不支付工资。若未扣发，可能被认定为“未依法支付劳动报酬”，劳动行政部门可责令限期支付，逾期不付的加付赔偿金（《劳动合同法》第85条）。
• 社保公积金风险：事假期间若未扣工资但继续缴纳社保公积金，可能涉及“多缴”问题。社保部门可要求调整缴费基数，单位需补缴员工应承担部分（若未代扣）。
• 审计整改要求：审计部门可能要求单位：
  （1）补扣事假期间工资；
  （2）修正社保公积金缴费记录；
  （3）完善内部考勤及工资核算制度。

2. 员工的潜在影响

• 工资补扣义务：若单位被要求补扣工资，员工需配合返还已发工资（除非能证明事假合法且单位自愿支付）。
• 劳动合同变更风险：若事假未经批准或违反单位制度，单位可能以“严重违反规章制度”为由解除合同（《劳动合同法》第39条）。
• 税务问题：若事假期间工资被认定为“不当得利”，员工可能需补缴个人所得税（若已申报）。

3. 处理建议

• 对用人单位：
  （1）立即核查事假审批流程及工资发放记录；
  （2）与员工协商补扣工资方案（如分期返还）；
  （3）修订考勤制度，明确事假工资扣减规则；
  （4）配合审计整改，避免行政处罚。
• 对员工：
  （1）核实事假是否符合单位规定（如医疗期事假可能需提供证明）；
  （2）若单位要求补扣工资，可协商减免部分金额（如单位管理疏漏导致）；
  （3）保留事假审批文件，以备争议时举证。

4. 关键证据与程序

• 单位需提供：事假申请单、考勤记录、工资表、社保缴费凭证等，证明未扣工资的合理性或疏漏。
• 员工需提供：事假批准文件、医疗证明（如病假）、单位曾同意不扣工资的书面证据等。

总结：事假未扣工资被审计查出，用人单位需优先整改并承担主要责任，员工可能需配合返还工资。建议双方先协商解决，若争议较大可申请劳动仲裁。如有具体证据或合同条款需分析，可直接向我提供细节进一步解答。