针对您提出的“两家单位在不知情的情况下给员工都申报了全年一次性奖金，应该如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号）第三条的规定：“在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。”这意味着，一个人一年只能使用一次全年一次性奖金计税办法。

现在，针对您的情况，两家单位在不知情的情况下都为您申报了全年一次性奖金，这显然违反了上述规定。为了避免在年度汇算时产生不必要的税务问题，我建议您采取以下步骤：

1. 与两家单位沟通：

   • 首先，您需要尽快与两家单位的人事或财务部门取得联系，说明情况，并告知他们您只能选择其中一家单位的全年一次性奖金进行计税。
   • 请求其中一家单位（通常是您主要工作或收入较高的单位）为您按照全年一次性奖金计税办法申报个人所得税，而另一家单位则将其作为当月的工资薪金计征个人所得税。

2. 选择计税方式：

   • 根据您的实际情况，选择对您最有利的计税方式。如果您选择将其中一家单位的全年一次性奖金单独计税，那么另一家单位的奖金就需要并入当月的工资薪金中计税。
   • 您也可以考虑将两家单位的奖金都并入当年综合所得计算纳税，但这可能不是最优的选择，因为单独计税通常能带来一定的税收优惠。

3. 年度汇算时调整：

   • 在进行年度汇算时，您需要仔细核对两家单位为您申报的全年一次性奖金情况。
   • 如果发现重复申报或计税方式不当，您需要在汇算时进行调整，确保只按照一家单位的全年一次性奖金进行计税。

4. 咨询税务机关：

   • 如果您对如何处理这种情况仍有疑问，或者担心在年度汇算时出现问题，我建议您咨询当地的税务机关或专业的税务顾问。
   • 他们可以为您提供更具体的指导和建议，帮助您避免税务风险。

最后，我需要强调的是，税务问题涉及您的切身利益，务必谨慎对待。在处理这种情况时，请确保与两家单位充分沟通，并选择合适的计税方式，以避免在年度汇算时产生不必要的麻烦和损失。希望以上解答能对您有所帮助。