在一审第二次开庭时，被告仍然可以提出诉讼时效抗辩。以下是对此问题的详细分析：

一、诉讼时效抗辩的基本概念

诉讼时效抗辩是指被告针对原告的诉讼请求，主张原告的起诉已经超过了法律所规定的诉讼时效期间，从而要求法院驳回原告的诉讼请求。这是一种合法的抗辩方式，旨在保护被告免受因原告拖延起诉而可能带来的不公平结果。

二、一审第二次开庭提出诉讼时效抗辩的合法性

1. 法律权利：在整个诉讼过程中，被告有权在一审的各个阶段提出诉讼时效抗辩。这包括第一次开庭、第二次开庭以及之后的任何开庭阶段。法律并未限制被告提出诉讼时效抗辩的具体时间点。
2. 诉讼程序稳定性：虽然被告有权在一审的各个阶段提出诉讼时效抗辩，但提出抗辩的时机选择可能会影响诉讼程序的稳定性和效率。如果被告在较晚的阶段提出抗辩，可能会给法院和原告带来额外的负担。然而，这并不影响抗辩本身的合法性。

三、提出诉讼时效抗辩的注意事项

1. 准确把握诉讼时效规定：诉讼时效的起算、中断、中止等情形比较复杂。被告在提出诉讼时效抗辩时，必须准确把握相关法律规定，确保自己的抗辩有法律依据。如果被告对诉讼时效的规定把握不准，可能会导致抗辩不被法院支持。
2. 提供充分证据：被告在提出诉讼时效抗辩时，应当提供充分的证据来证明原告的起诉已经超过了诉讼时效期间。这包括但不限于证明原告知道或应当知道权利受到损害的时间、证明诉讼时效中断或中止的事由不存在等。
3. 考虑诉讼策略：被告在提出诉讼时效抗辩时，还需要考虑自己的诉讼策略。例如，如果被告认为自己在实体权利上处于劣势，但希望通过诉讼时效抗辩来争取更多的谈判筹码或时间，那么可以在适当的时机提出抗辩。

四、可能面临的法律后果

1. 抗辩成立：如果被告提出的诉讼时效抗辩成立，即原告的起诉确实已经超过了诉讼时效期间，且无法定中断、中止事由，那么法院可能会驳回原告的诉讼请求。
2. 抗辩不成立：如果被告提出的诉讼时效抗辩不成立，即原告的起诉仍在诉讼时效期间内，或者存在法定中断、中止事由，那么法院将会继续审理案件，并围绕实体权利义务进行裁决。

五、建议

1. 及时咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律规定和事实认定，被告在提出诉讼时效抗辩前应当及时咨询专业律师，确保自己的抗辩有法律依据且策略得当。
2. 充分准备证据：被告在提出诉讼时效抗辩时，应当充分准备证据来支持自己的主张。这包括但不限于收集相关证据材料、整理证据清单等。

如有任何关于诉讼时效或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。