建设工程保证金的管辖权问题，核心在于确定该类纠纷是否适用专属管辖，即是否由不动产所在地人民法院管辖。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、专属管辖的法律规定
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条及相关司法解释，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。这里的“不动产纠纷”特指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷，同时明确将建设工程施工合同纠纷纳入不动产纠纷范畴，按照不动产纠纷确定管辖。
二、保证金纠纷与专属管辖的关系
合同实际履行情况：
- 若建设工程施工合同已实际履行，因合同履行过程中产生的保证金纠纷，显然属于因履行建设工程施工合同引发的纠纷，应适用专属管辖，即由不动产所在地人民法院管辖。
- 若建设工程施工合同订立后未实际履行，如施工单位未实际施工而要求返还保证金，此时纠纷是否仍适用专属管辖？根据司法解释，并未明确排除此类情形。因此，从法律逻辑和司法实践出发，应认为此类纠纷同样适用专属管辖。
起诉与受理阶段的判断：
- 在起诉与受理阶段，当事人依据建设工程施工合同诉请返还保证金，属于因履行建设工程施工合同引发的纠纷。此时，案涉合同是否实际履行往往不能查明，只有通过实体审理才能查明。因此，在法律、司法解释没有明确规定的情况下，应倾向于认为此类纠纷适用专属管辖。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 对于涉及建设工程保证金的纠纷，无论合同是否实际履行，建议当事人优先向不动产所在地人民法院提起诉讼，以符合专属管辖的规定。
- 若对管辖权有疑问或争议，可及时咨询专业律师，通过法律途径明确管辖法院，避免因管辖问题导致诉讼延误或不利后果。
可能的法律后果：
- 若错误选择管辖法院，可能导致案件被移送至有管辖权的法院审理，增加诉讼成本和时间成本。
- 在极端情况下，若因管辖问题导致诉讼程序严重延误或无法进行，可能影响当事人的合法权益实现。
综上所述，建设工程保证金的管辖权问题，在大多数情况下应适用专属管辖，即由不动产所在地人民法院管辖。无论合同是否实际履行，当事人均应谨慎选择管辖法院，以确保诉讼程序的顺利进行和合法权益的有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。