关于上班打卡扣掉吃饭时间是否有问题，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的约定，还有是否符合法律法规的要求。
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了工作时间包括吃饭时间，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除吃饭时间可能是合理的。例如，有些公司采用弹性工作制或综合计算工时制，将吃饭时间纳入总工作时间内进行统一计算。
- 如果公司的规章制度或劳动合同中没有明确规定，或者规定与法律法规相冲突，那么公司扣除吃饭时间就可能存在问题。在这种情况下，员工有权要求公司按照实际工作时间支付工资。
法律法规的要求：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。如果公司扣除吃饭时间后，员工的工作时间超过了法定标准，那么这种做法就是违法的。
- 此外，如果公司扣除吃饭时间导致员工的工资低于当地最低工资标准，那么这种做法也是违法的。
实际操作中的建议：
- 查看规章制度与劳动合同：员工首先应查看公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于工作时间和工资支付的规定。
- 与公司沟通：如果员工认为公司扣除吃饭时间的做法不合理或违法，可以与公司进行沟通，要求公司进行解释或调整。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某公司的规章制度中规定，员工每日工作时间为8小时，其中包括1小时的吃饭时间。如果这种规定在劳动合同中得到了明确，并且不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除吃饭时间就是合理的。但是，如果公司实际上要求员工工作9小时，却只支付8小时的工资（扣除了1小时的吃饭时间），那么这种做法就是违法的。
总结与建议：
上班打卡扣掉吃饭时间是否有问题，需要综合考虑公司的规章制度、劳动合同的约定以及法律法规的要求。如果员工对此有疑问或认为公司的做法不合理，建议及时与公司沟通或寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。