在检察院审查起诉阶段发现监察机关漏罪的，主要依据《人民检察院刑事诉讼规则》第三百五十六条以及《中华人民共和国监察法实施条例》第二百二十三条的相关规定来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据及处理原则
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百五十六条：
- 该条文规定了检察院在审查起诉阶段发现遗漏罪行或者遗漏同案犯的处理方式。
- 一般原则：检察院应当先行要求公安机关（在监察机关移送案件的语境下，可理解为监察机关）补充侦查或者补充移送起诉。这是因为侦查、审查起诉、提起公诉是刑诉法规定的办案程序，也是符合认识发展规律的办案环节。对于在审查起诉阶段发现遗漏罪行或者遗漏同案犯的情况，可能影响对犯罪嫌疑人的定罪量刑，通常都应当由监察机关对相关事实予以查证，再由检察院进行审查。
- 特殊例外：只有在犯罪事实清楚，证据确实、充分，且不经补充侦查或者补充移送起诉也符合起诉条件的特殊情况下，检察院才可以直接提起公诉。这是出于节约司法资源的考虑。
《中华人民共和国监察法实施条例》第二百二十三条：
- 该条文规定了监察机关发现被调查人漏罪的，可以补充移送审查起诉。
- 补充移送的具体情形：包括移送审查起诉前发现漏罪、移送审查起诉后发现漏罪以及检察院审查起诉过程中发现漏罪等情形。
- 补充移送的适用阶段：案件移送检察院审查起诉后，会经历审查起诉、审判阶段，有些案件还会经历退回补充调查阶段，每个阶段均可以提出补充移送审查起诉。
二、具体处理流程
检察院发现漏罪：
- 检察院在审查起诉过程中发现监察机关移送的案件中存在遗漏罪行的，如果事实不清、证据不足，应当及时将线索移送监察机关。
- 监察机关经调查，达到事实清楚、证据确实充分标准的，可以向检察院补充移送审查起诉。
监察机关补充移送：
- 监察机关在原案移送审查起诉后，又查清犯罪嫌疑人有其他涉嫌职务犯罪事实，需要追究刑事责任的，应当经审批后，向检察院出具《补充起诉意见书》，将新查证的事实移送检察院补充审查起诉。
- 监察机关在收到检察院退回补充调查的案件后，又查清犯罪嫌疑人有其他涉嫌职务犯罪事实，需要追究刑事责任的，可以增加认定被审查调查人涉嫌职务犯罪的事实并出具《补充起诉意见书》，与原案一并重新移送检察院审查起诉。
检察院审查与起诉：
- 检察院对监察机关补充移送的事实进行审查，如果符合起诉条件，可以依法提起公诉。
- 如果不符合起诉条件，检察院可以要求监察机关进一步补充侦查或者补充移送起诉。
三、注意事项
- 保障被审查调查人权利：在补充移送审查起诉过程中，应当保障被审查调查人的权利，包括与其见面、听取本人意见和申辩等。
- 审批程序：补充移送审查起诉需要经过相应的审批程序，确保程序的合法性和正当性。
- 新案件处理：如果原案已经由人民法院依法作出判决，此时监察机关发现被告人有遗漏罪行需要追究刑事责任的，不能再补充移送审查起诉，而是应当作为一个新的案件，依法按程序办理。
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