如果被告人认为检察院的刑事起诉中存在漏罪，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
及时提出异议：
- 在收到检察院的起诉书后，被告人或其辩护人应当仔细审查起诉书中的内容，特别是关于犯罪事实的描述和罪名的认定。
- 如果发现起诉书中遗漏了应当追究的犯罪事实或罪名，被告人或其辩护人应及时向检察院提出书面异议，明确指出漏罪的具体情况，并要求检察院进行补充侦查或追加起诉。
申请补充侦查：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，被告人或其辩护人有权申请检察院对漏罪进行补充侦查。
- 补充侦查的目的是为了进一步查清案件事实，确保起诉的准确性和完整性。如果检察院认为有必要，会进行补充侦查，并将补充侦查的结果告知被告人或其辩护人。
在法庭审理中提出：
- 如果在审查起诉阶段未能解决漏罪问题，被告人或其辩护人可以在法庭审理过程中提出漏罪的异议。
- 法庭会依法对漏罪问题进行审理，并根据审理结果作出相应的判决。如果法庭认为确实存在漏罪，可能会要求检察院追加起诉或进行其他处理。
上诉或申诉：
- 如果被告人对一审判决结果不服，认为判决中未对漏罪进行正确处理，可以在法定期限内向上级法院提出上诉。
- 在上诉过程中，被告人或其辩护人可以再次提出漏罪的问题，并要求上级法院进行审理和裁决。
- 如果判决已经生效，被告人或其辩护人认为判决存在错误，还可以依法提出申诉，请求法院对案件进行再审。
在处理漏罪问题时，被告人或其辩护人需要注意以下几点：
- 保留证据：在提出漏罪异议时，被告人或其辩护人应当尽可能提供相关的证据材料，以支持自己的主张。这些证据材料可以包括证人证言、物证、书证等。
- 遵守法律程序：在处理漏罪问题的过程中，被告人或其辩护人应当严格遵守法律程序，不得采取非法手段或干扰司法机关的正常工作。
- 及时沟通：被告人或其辩护人应当与检察院、法院等司法机关保持及时沟通，了解案件进展情况，并根据需要提供必要的协助和配合。
最后，需要强调的是，刑事案件的审理是一个复杂而严谨的过程。如果被告人认为检察院的刑事起诉中存在漏罪，应当及时采取措施来维护自己的合法权益。同时，也建议被告人或其家属在遇到此类问题时，及时向我这样的专业律师咨询，以便更好地了解案件情况、制定应对策略并维护自己的合法权益。