在检察院二审抗诉中发现被告人存在漏罪的，一般应由检察院补充起诉，法院依法并案审理；若漏罪与原罪属不同法院管辖，则可能移送有管辖权的法院审理或由上级法院指定管辖。具体分析如下：

1. 补充起诉与并案审理
   根据《人民检察院刑事诉讼规则》及相关司法解释，检察院在二审抗诉阶段发现被告人存在漏罪的，应当通过补充起诉的方式将漏罪纳入诉讼程序。法院在二审中若发现漏罪，通常会将案件发回重审，由一审法院合并审理原判罪名与漏罪；若检察院直接补充起诉，二审法院也可依法并案审理。这一程序确保所有犯罪事实在同一诉讼程序中得到审查，避免“一事再理”的司法资源浪费。

2. 管辖权协调与移送审理
   若漏罪与原判罪名分属不同法院管辖（如原罪由基层法院审理，漏罪需由中级法院审理），则需通过管辖权调整解决。根据《刑事诉讼法》第25条，法院可报请上级法院指定管辖，或由共同上级法院直接指定某一法院审理。例如，若漏罪为重大经济犯罪需由中级法院管辖，而原罪由基层法院审理，上级法院可能指定中级法院合并审理，或维持原判法院管辖并调整审判组织。

3. 程序衔接与权利保障
   在处理漏罪时，需严格保障被告人的辩护权与知情权。法院应依法通知被告人及其辩护人，确保其有充分时间准备针对漏罪的辩护。若漏罪涉及新的证据或证人，需按照《刑事诉讼法》第193条重新开庭调查，避免“突袭裁判”。同时，检察院需对漏罪的指控承担举证责任，确保事实清楚、证据充分。

实务建议：若您作为当事人或家属遇到此类情况，建议重点关注法院是否依法启动补充起诉程序、是否保障了辩护权，以及漏罪与原罪的证据是否充分关联。如有疑问，可直接向我咨询具体案件中的程序合法性与辩护策略。