旷工三天自离后，单位以此为由拒绝支付工资是不合法的，劳动者有权要求用人单位按照实际工作天数支付应得的工资。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律角度
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者以何种方式离职，单位都必须发放给劳动者应得的工资，单位不得随意克扣。
旷工与工资扣除：
- 旷工三天自离确实构成了违反公司规章制度的行为，但单位只能暂停发放旷工期间的薪资，对于员工在正常工作时间内所应获取的酬劳，仍需依法依规予以支付。单位不得以旷工为由而擅自扣除员工本应享有的全月工资。
经济损失赔偿：
- 如果因旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。但赔偿的扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
实际操作角度
与用人单位协商：
- 劳动者应首先尝试与用人单位进行友好协商，明确表明虽然存在旷工自离的情况，但依法仍有权获得已工作天数的劳动报酬。在协商过程中，劳动者应清晰、诚实地说明自身情况和诉求，争取与用人单位达成和解。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。投诉时需准备好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己在单位的工作情况以及旷工的具体情况。劳动监察部门接到投诉后，会介入调查并督促单位履行支付工资的义务。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，劳动者可以申请劳动仲裁。申请前需准备好证明劳动关系存在、工作时间和工作量等材料，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等。撰写劳动仲裁申请书，明确写明自己的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求（即要求用人单位支付拖欠的工资）、事实和理由等内容。向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请及相关材料，并参与仲裁过程。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁的结果不满意，劳动者可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。
可能的法律后果
- 如果单位坚持不支付工资，且劳动者通过合法途径维权成功，单位可能需要支付拖欠的工资以及可能的赔偿金。同时，单位的违法行为还可能受到劳动保障行政部门的处罚，如责令限期支付劳动者的工资报酬、加付赔偿金等。
建议：在遇到此类问题时，劳动者应保持冷静，通过合法途径维护自己的权益。如果对法律程序不熟悉，可以寻求专业法律人士的帮助，以确保自己的合法权益得到有效保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。