结论前置：

1. 公司层面：员工累计收取1000次回扣，将面临被公司解除劳动合同、追偿经济损失、内部通报批评等后果，且可能影响未来职业声誉。
2. 法律层面：若回扣金额累计达到刑事立案标准（通常为6万元以上），可能构成非国家工作人员受贿罪，面临3年以下有期徒刑至无期徒刑不等的刑罚；若未达刑事标准，也可能因违反《反不正当竞争法》或《刑法》中的其他条款（如职务侵占罪）承担行政责任或民事责任。

一、公司层面的处理与后果

1. 劳动合同解除
   根据《劳动合同法》第39条，员工严重违反公司规章制度或严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害的，公司有权单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。累计收取1000次回扣的行为，明显属于“营私舞弊”或“严重违反职业道德”，公司可立即解除合同。

2. 经济损失追偿
   若回扣行为导致公司直接经济损失（如合同价格虚高、项目成本增加等），公司可依据《民法典》第1165条要求员工赔偿。例如，若每次回扣导致公司多支付1000元，累计1000次则损失达100万元，公司有权通过诉讼追偿。

3. 内部处分与行业通报
   公司可能对员工进行内部处分（如降级、扣发奖金），并将违规行为记入员工档案。若员工所在行业有职业信用体系（如金融、医疗领域），公司还可能向行业协会通报，影响其未来就业。

二、法律层面的责任与风险

1. 刑事责任：非国家工作人员受贿罪
   根据《刑法》第163条，公司、企业或其他单位工作人员利用职务便利，索取或非法收受他人财物，数额较大的（通常为6万元以上），处3年以下有期徒刑或拘役；数额巨大（通常为100万元以上）或有其他严重情节的，处3年以上10年以下有期徒刑；数额特别巨大（通常为1500万元以上）的，处10年以上有期徒刑或无期徒刑。

   • 关键点：若1000次回扣累计金额达6万元以上，即使每次金额较小，也可能因“次数多、持续时间长”被认定为“情节严重”，从而构成犯罪。
     
   • 例外：若回扣金额未达6万元，但存在“多次索贿”“为他人谋取不正当利益”等情节，仍可能被追究刑事责任。

2. 行政责任：违反《反不正当竞争法》
   根据《反不正当竞争法》第7条，经营者不得采用财物或其他手段贿赂交易相对方的工作人员。若员工收受回扣的行为被认定为“商业贿赂”，公司可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得），员工也可能被市场监管部门处罚。

3. 民事责任：返还违法所得
   无论是否构成犯罪，员工收受的回扣均属于违法所得，根据《民法典》第153条，应返还给公司或支付方。若拒绝返还，公司或支付方可通过民事诉讼要求返还。

三、实务建议

1. 对员工：立即停止收受回扣行为，主动向公司坦白并退还违法所得，争取从轻处理；若已涉及刑事风险，尽快委托律师介入，争取取保候审或缓刑。
   
2. 对公司：完善内部反贿赂制度，定期开展合规培训；发现员工违规后，及时固定证据（如转账记录、聊天记录），并依法处理；若涉嫌犯罪，及时向公安机关报案。

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