对于善意虚开案件，公安机关的处理方式需结合案件性质、证据情况及主观意图综合判断，具体处理路径如下：

1. 立案审查阶段：区分“善意”与“恶意”的核心标准
   公安机关接到虚开发票案件报案后，会首先审查是否符合刑事立案标准。根据《刑事诉讼法》及《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》，虚开发票罪的立案标准为虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗5000元以上。但若行为人能证明其主观上无骗取税款目的（如为虚增业绩、融资等非税款利益），且未造成国家税款损失，公安机关可能认定为“善意虚开”，此时处理方式存在差异：

   • 不立案或撤销案件：若证据显示行为人无主观故意（如对虚开行为不知情、被欺骗参与），或虚开行为未实际危害税收征管秩序（如未抵扣税款、未用于非法目的），公安机关可能依据《刑事诉讼法》第16条、第112条，以“情节显著轻微、危害不大”为由不立案，或立案后撤销案件。
     
   • 移送行政处理：若虚开行为违反《发票管理办法》，但未达刑事立案标准，公安机关可能将案件移送税务机关，由税务机关依据《发票管理办法》第37条，对行为人处5万元以下罚款，并没收违法所得。
     

2. 侦查阶段：证据收集与主观意图的证明
   若案件进入侦查阶段，公安机关会重点收集以下证据以判断“善意”或“恶意”：

   • 主观意图证据：包括行为人是否明知虚开（如是否参与虚开环节、是否获取非法利益）、是否采取掩盖虚开行为的措施（如伪造合同、资金回流等）。
     
   • 客观行为证据：包括虚开发票的金额、次数、流向，是否实际抵扣税款，是否造成国家税款损失等。
     
   • 第三方证据：如上下游企业的交易记录、资金往来、证人证言等，以佐证行为人是否被利用或欺骗。
     

若证据显示行为人主观上无骗取税款目的（如为完成业绩指标、获取贷款等非税款利益），且未造成国家税款损失，公安机关可能认定其为“善意虚开”，并依据《刑事诉讼法》第175条，以“证据不足”为由不提请检察院批准逮捕，或建议检察院作出不起诉决定。

1. 强制措施适用：慎用羁押性措施
   对“善意虚开”案件，公安机关在采取强制措施时会更加审慎。根据《刑事诉讼法》第82条，若行为人无社会危险性（如无前科、主动配合调查、未逃避侦查），公安机关可能不采取刑事拘留等羁押性措施，而改用取保候审、监视居住等非羁押性措施，以减少对行为人正常生活的影响。

2. 与税务机关的协作：行政处罚与刑事追责的衔接
   根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，公安机关在侦查过程中发现虚开行为未达刑事标准，但违反税收法律法规的，会及时移送税务机关处理。税务机关可能依据《税收征收管理法》第63条，对行为人处不缴或者少缴税款50%至5倍的罚款；若行为人已补缴税款、缴纳滞纳金并接受行政处罚，公安机关可能不再追究刑事责任。

总结：公安机关对“善意虚开”案件的处理，核心在于判断行为人是否具有骗取税款的主观故意，以及是否实际造成国家税款损失。若证据显示行为人无主观恶意且未危害税收征管秩序，公安机关可能不立案、撤销案件或移送行政处理；若证据不足，可能不提请逮捕或建议不起诉。具体处理需结合案件证据综合判断，建议行为人及时委托律师介入，通过证据固定、主观意图说明等方式争取有利结果。