关于您提出的“善意取得虚开如何处理”的问题，这确实是一个涉及税务法规与实务操作的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：
一、善意取得虚开的定义与背景
善意取得虚开，通常指的是受票人（纳税人）与开票人之间存在真实交易关系，但开票人开具的增值税专用发票事后被税务机关查实系虚开。在这种情况下，受票人往往对虚开行为并不知情，且已就该票进行了认证抵扣。
二、税务处理规定
进项转出与补缴税款：
- 根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值专用发票处理问题的通知》（国税发【2000】187号）及后续相关公告，税务机关通常会要求受票人就已抵扣税款作进项转出，不予抵扣，并补缴相应的税款。
- 同时，受票人还需交纳因逾期入库所产生的滞纳金及少缴增值税相应的城市维护建设税、教育费附加、企业所得税等税款。
可能的罚款：
- 在某些情况下，税务机关还会依据《中华人民共和国税收征管法》的相关规定，对受票人处以认证抵扣税款50%以上5倍以下的罚款。
三、争议与法律依据
受票方观点：
- 虚开责任应由供货方和开票方负责，受票方是无辜的，不存在过错和法律责任。
- 受票方与供货方之间存在真实的交易，且供货方有义务为受票人开具增值税专用发票。
- 税务机关在发票认证抵扣过程中未能及时发现发票问题，系监管失职，不应将法律后果转嫁给受票方。
税务机关观点：
- 对取得虚开增值税专用发票并认证抵扣的纳税人进行处理或处罚，符合相关税务法规的规定。
- 技术层面的问题（如“金税盘”系统未发现抵扣发票存在的问题）不能免除受票方补缴税款的法律责任。
四、建议与应对措施
积极配合调查：
- 受票方应积极配合税务机关的调查处理，提供能证明属于善意取得的相关证据。
寻求法律救济：
- 如果对税务机关的处理决定或处罚决定不服，受票方可以通过行政复议或行政诉讼方式解决纠纷。
加强内部管理：
- 企业应加强对供应商和发票的管理，确保交易的真实性和发票的合法性。
关注税务政策变化：
- 密切关注税务政策的变化，及时了解最新的税务法规和处理规定。
综上所述，善意取得虚开的处理涉及多个方面，包括税务处理、法律依据、争议点以及应对措施。在实际操作中，建议企业遵循相关法律法规，积极配合税务机关的调查处理，并寻求专业的法律支持以维护自身合法权益。