针对您提出的“非善意取得虚开发票怎么处理”的问题，这实际上是一个涉及税务处理、法律后果及民事处理等多个层面的复杂问题。不过，从您的提问中，我推测您可能更关心的是在非善意（即明知或应知）取得虚开发票的情况下，应如何应对和处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、税务处理方面
主动报告与接受处理：
- 若您明知或应知取得的发票为虚开，但仍接受了该发票，首先应主动向主管税务机关报告相关情况，并接受税务机关的调查和处理。
- 税务机关将根据您的具体情况，可能要求您补缴相应的税款、滞纳金，并可能处以罚款。
进项税额转出与补税：
- 若您已将虚开的发票作为进项税额抵扣，税务机关将要求您将该部分进项税额作转出处理，并补缴相应的增值税税款。
- 同时，若该发票对应的成本费用已在企业所得税前扣除，您还需对相应成本费用进行纳税调增，并补缴企业所得税。
无法补开、换开发票的特殊情况：
- 若因客观原因无法补开或换开发票，您应提供相关资料（如合同、付款凭证等）证实支出的真实性。但需注意，在非善意取得的情况下，这些资料可能不足以作为税前扣除的合法凭证。
二、法律后果与民事处理
行政处罚与刑事责任：
- 非善意取得虚开发票的行为，不仅可能面临税务机关的行政处罚（如罚款、没收违法所得等），还可能涉及刑事责任。根据虚开发票的金额大小和情节严重程度，您可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。
向开票方及关联方追责：
- 若您因非善意取得虚开发票而遭受损失，您可以依据与开票方的合同关系，要求开票方承担违约责任，并赔偿因虚开发票导致的经济损失。
- 同时，若开票方存在与其他方共同虚开发票的行为，您还可以考虑向其他关联方追责。
举证责任与证据保留：
- 在非善意取得虚开发票的情况下，您需承担更重的举证责任。您需保留交易合同、付款凭证、沟通记录等相关证据，以证明您与开票方之间的交易情况及您的主观状态。
- 这些证据在后续税务调查、行政处罚或刑事诉讼中都将起到关键作用。
三、建议与防范措施
加强内部审核与风险防范：
- 企业和个人应加强对发票真实性的审核，确保从正规渠道取得合法有效的发票。
- 建立完善的内部控制制度，对发票的取得、使用和保管进行规范管理，降低非善意取得虚开发票的风险。
及时咨询专业人士：
- 在遇到此类问题时，建议及时咨询税务或法律专业人士，了解具体的法律风险和应对措施。
- 专业人士可以为您提供针对性的建议和指导，帮助您妥善处理非善意取得虚开发票的问题。
积极配合税务机关调查：
- 若您被税务机关调查或处罚，应积极配合税务机关的工作，如实说明情况并提供相关证据。
- 通过积极配合和沟通，您可以争取更轻的处罚或更合理的解决方案。
综上所述，非善意取得虚开发票将面临严重的税务和法律后果。因此，建议您在交易过程中加强审核与风险防范意识，确保自身合法权益不受损害。若不幸遭遇此类问题，请及时咨询专业人士并积极配合税务机关的调查和处理。