针对您提出的“非善意取得普通发票怎么处理”的问题，这实际上涉及到的是虚开发票的处理情况，虽然您未直接提及“虚开”，但“非善意取得”往往与虚开发票相关联。以下是根据相关税收法规，为您提供的详细解答：

一、非善意取得（即取得虚开发票）的处理原则

根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法规，对于取得的虚开发票，无论其是否为善意取得（在不知情的情况下取得），均不得抵扣进项税款或办理出口退税。若购货方已经抵扣了进项税款或取得了出口退税款，应依法进行追缴。

二、具体处理措施

1. 不予抵扣与追缴：

   • 对于尚未申报抵扣增值税进项税额的虚开发票，暂不允许抵扣。
   • 对于已经申报抵扣增值税进项税额的虚开发票，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。
   • 对于尚未申报出口退税或已申报但尚未办理出口退税的虚开发票，暂不允许办理出口退税。若已办理出口退税，则应根据虚开发票上注明的增值税额作进项税额转出处理，并追回已退税款。

2. 加强财务管理与查验：

   • 为保障企业合法权益，建议企业加强财务管理，充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台、税务数字账户等，对取得的发票真伪进行查验。
   • 对不符合规定的发票及时拒收，不作为财务凭证入账，以避免潜在的税务风险。

3. 法律责任与处罚：

   • 若企业明知是虚开的发票而予以抵扣或退税，将可能面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。
   • 在严重情况下，还可能涉及刑事责任，如构成虚开增值税专用发票罪等。

三、特殊情况处理

• 善意取得虚开发票的特殊情况：虽然您询问的是非善意取得，但为全面解答，也提及一下善意取得的情况。若企业在不知情的情况下取得了虚开的专用发票用于进项抵扣或办理出口退税，且符合善意取得的条件，则不以偷税或骗取出口退税论处。但即便如此，仍应按有关规定不予抵扣进项税款或不予出口退税；若已抵扣或退税，则应依法追缴。不过，若企业能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，则依法准予抵扣进项税款或办理出口退税。

• 对异常扣税凭证的异议处理：若企业对税务机关认定的异常凭证存有异议，可向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，若符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣或重新申报出口退税。

四、建议与总结

• 建议：为避免税务风险，企业应加强内部管理，完善发票审核机制，确保取得的发票真实、合法、有效。同时，积极利用税务机关提供的查询渠道进行发票查验。
• 总结：非善意取得普通发票（即取得虚开发票）的处理原则是不得抵扣进项税款或办理出口退税，并应依法追缴已抵扣或退税的款项。企业应加强财务管理与查验工作，以避免潜在的税务风险。

希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时联系税务机关或专业律师。