针对您提出的“善意取得增值税发票如何处理违法行为”的问题，我将根据国家税务总局的相关规定，为您详细解答。

首先，我们需要明确“善意取得”的定义。在税务领域，善意取得通常指的是购货方（受票方）在不知道取得的增值税专用发票是销售方虚开的情况下，进行了相关的交易并取得了发票。对于这种情况，国家税务总局有明确的规定来处理。

一、善意取得虚开发票的处理原则

1. 不以偷税或骗取出口退税论处：如果购货方与销售方存在真实的交易，且销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，发票上注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，同时没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，那么对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。

2. 不予抵扣进项税款或不予出口退税：尽管购货方是善意取得虚开发票，但按照税法规定，其取得的发票仍不能作为抵扣进项税款或申请出口退税的依据。如果购货方已经抵扣了进项税款或者取得了出口退税，那么这部分税款应依法追缴。

二、善意取得后的补救措施

如果购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，或者取得手工开出的合法、有效专用发票，并且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处的证明，那么购货方所在地税务机关应依法准予其抵扣进项税款或者出口退税。

三、恶意取得的处理

如果有证据表明购货方在进项税款得到抵扣、或者获得出口退税前知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，那么对购货方应按照《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》的规定进行处理。这通常意味着购货方将面临偷税或骗取出口退税的处罚。

四、建议与注意事项

1. 加强内部管理：企业应建立健全的发票管理制度，确保在取得发票时进行严格的审核和验证，避免善意或恶意取得虚开发票。

2. 及时咨询税务机关：如果企业在取得发票过程中遇到任何疑问或不确定的情况，应及时咨询当地税务机关，以获取准确的指导和帮助。

3. 保留相关证据：企业应妥善保留与交易相关的所有证据和文件，以便在需要时向税务机关提供证明。

综上所述，善意取得增值税发票的处理需要遵循国家税务总局的相关规定。企业在处理这类问题时，应确保自身行为的合法性，并积极配合税务机关的调查和处理工作。