对于善意取得虚开的增值税发票的处理，主要遵循以下原则：

首先，如果纳税人能够重新取得合法、有效的专用发票，那么允许其抵扣进项税款。这意味着，只要纳税人能够替换原有的虚开发票，并确保新发票的合法性和有效性，其正常的税务处理流程将不会受到影响。

然而，如果纳税人无法重新取得合法、有效的专用发票，那么将不准其抵扣进项税款，或者会追缴其已抵扣的进项税款。这是为了防止税收流失，并确保税收的公平性和合法性。

值得注意的是，对于被依法追缴已抵扣税款的纳税人，根据相关规定，这种情况并不属于《税收征收管理法》中“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形。因此，不适用该条款中关于“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。这意味着，纳税人在这种情况下不会被加收滞纳金。

此外，还需要强调的是，如果税务机关发现纳税人存在故意购买、使用虚开的增值税发票等违规行为，那么纳税人将面临严重的法律后果，包括没收违法所得、罚款甚至追究刑事责任。

综上所述，对于善意取得虚开的增值税发票的处理，纳税人应尽快采取措施重新取得合法、有效的专用发票，以避免不必要的税务风险。如果无法重新取得，则应积极配合税务机关的处理，并承担相应的税务责任。同时，纳税人也应加强自身的税务合规意识，确保所有税务活动的合法性和合规性。