关于“善意取得虚开增值税专用发票的行政处罚”这一问题，首先我们需要明确什么是“善意取得虚开增值税专用发票”。根据国家税务总局的相关文件，善意取得虚开的增值税专用发票指的是购货方与销售方存在真实的交易，且购货方在取得发票时并不知道该发票是以非法手段获得的。

接下来，我们分析善意取得虚开增值税专用发票可能面临的法律后果：

1. 税款处理：

   • 如果纳税人能够重新取得合法、有效的专用发票，那么可以准许其抵扣进项税款。
   • 如果不能重新取得合法、有效的专用发票，则不准其抵扣进项税款，或者需要追缴其已抵扣的进项税款。

2. 行政处罚：

   • 虽然纳税人是“善意”取得，但虚开增值税专用发票本身是一种违法行为。因此，根据税收征收管理法和发票管理办法的相关规定，税务机关仍然可能对纳税人给予相应的行政处罚。
   • 具体的处罚措施可能包括罚款、滞纳金等，具体数额和比例会根据税法的相关规定以及案件的具体情况来确定。

3. 法律责任：

   • 如果虚开的税款数额达到一定的标准，还可能触犯刑法，构成虚开增值税专用发票罪。这时，纳税人不仅需要承担行政责任，还可能面临刑事责任。

此外，从您提供的案例来看，即使纳税人是善意取得虚开的增值税专用发票，并且在后续的处理中积极配合税务机关的工作，但由于虚开增值税专用发票的行为已经发生，税务机关仍然依法对纳税人进行了行政处罚。这说明了税务机关在打击虚开增值税专用发票行为方面的严格性和严肃性。

综上所述，善意取得虚开增值税专用发票虽然可能出于无意，但仍然需要承担相应的法律后果。因此，企业在日常经营过程中应该严格遵守税法规定，确保所取得的发票都是合法、有效的，以避免不必要的法律风险和经济损失。