关于您提出的“善意取得的虚开专用发票怎么处理”的问题，以下是根据相关税务法规为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确“善意取得虚开的增值税专用发票”的定义。这通常指的是购货方（受票方）与销售方存在真实的交易，但在不知情的情况下取得了销售方虚开的增值税专用发票。在这种情况下，购货方并没有故意参与任何非法活动，而是由于销售方的不法行为而受到了影响。

针对这种情况，税务部门有明确的处理规定：

1. 不予抵扣进项税款或不予出口退税：

   • 如果购货方已经使用了这张虚开的专用发票来抵扣进项税款或申请出口退税，那么这些税款将被依法追缴。
   • 购货方在发现虚开情况后，应立即停止使用该专用发票进行任何税务处理。

2. 重新取得合法、有效的专用发票：

   • 购货方如果能够重新从销售方取得通过防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，或者取得手工开出的合法、有效专用发票，并且取得了销售方所在地税务机关已经或正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处的证明，那么购货方所在地税务机关将依法准予抵扣进项税款或出口退税。

3. 不加收滞纳金：

   • 如果购货方因善意取得虚开的专用发票而被依法追缴已抵扣的税款，这种情况不属于税收征收管理法中规定的“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，因此不会加收滞纳金。

4. 特殊情况处理：

   • 如果有证据表明购货方在进项税款得到抵扣或获得出口退税前已经知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，那么购货方将按照相关税务法规的其他规定进行处理，可能会面临更严重的法律后果。

综上所述，对于善意取得的虚开专用发票，购货方应立即停止使用并报告税务机关，同时尝试重新取得合法、有效的专用发票。如果无法重新取得或已被追缴税款，应配合税务机关的调查和处理工作，并确保未来交易中的发票合规性。