对于善意取得虚开发票的企业，应首先确保不再继续使用非法发票，并积极配合税务机关的调查，同时努力重新获取合法有效的发票以减轻税务负担。以下是详细分析：
一. 善意取得虚开发票的界定
- 善意取得虚开增值税专用发票，指的是购货方与销售方存在真实交易，且购货方在不知情的情况下取得了销售方以非法手段获得的增值税专用发票。这通常要求满足几个条件：购货方与销售方之间有真实交易；销售方使用的是其所在地区的专用发票；专用发票上的内容与实际交易相符；购货方不知销售方提供的发票是非法获得的。
二. 税务处理
- 税前扣除凭证的有效性：善意取得的虚开增值税专用发票不能直接用于企业所得税税前扣除。若企业能重新从销售方取得合法、有效的专用发票，则该发票可作为企业所得税税前扣除凭证。
- 已税前扣除的处理：如企业在汇算清缴期结束前未能重新取得合法有效发票，相应支出不得在发生年度税前扣除，企业需对这部分金额进行纳税调增，并补缴企业所得税。若企业在以后年度取得了符合规定的发票，则相应支出可追补至支出发生年度税前扣除，并申请退税或抵减以后年度的应纳税款。
- 进项税款处理：善意取得的虚开增值税专用发票不可抵扣进项税款。如已抵扣，将被依法追缴，但基于善意取得的缘由，通常不会加收滞纳金。
三. 重新取得合法发票的处理
- 若企业能重新从销售方取得合法、有效的专用发票，并且取得了销售方所在地税务机关已经或正在依法查处销售方虚开行为的证据，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或出口退税。
四. 实际操作建议
- 加强审核：企业应严格审核取得的增值税专用发票，确保其真实性和合法性。
- 及时沟通：一旦发现发票存在问题，应立即与销售方及税务机关沟通，寻求解决方案。
- 配合调查：企业应积极配合税务机关的调查，提供必要的证据和材料。
- 风险管理：建立健全税收风险管理制度，定期对税收情况进行自查，及时发现并纠正问题。
综上所述，企业在处理善意取得虚开增值税专用发票时，应积极配合税务机关，努力重新获取合法发票，并加强内部管理，确保税收合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。