当施工单位不服从甲方的安排和管理时，甲方可以采取以下措施来维护自身权益和项目的正常进行：

1. 沟通协商：

   • 正式会议：首先，甲方应组织专题会议，邀请施工单位的项目负责人及相关人员参加。在会议上，甲方应明确指出施工单位不服从管理的具体行为及其带来的不良影响，如工期延误、质量不达标等，并倾听施工单位的意见和解释，共同寻求解决方案。
   • 书面沟通：若会议沟通效果不佳，甲方可通过书面函件的形式，正式告知施工单位其不服从管理的行为及影响，要求其在规定时间内回复并提出整改措施。书面沟通具有严肃性和可追溯性，有助于引起施工单位的重视。

2. 依据合同条款处理：

   • 审查合同：甲方应仔细审查与施工单位签订的施工合同，特别是关于施工单位服从甲方管理的条款以及违约处理的规定。
   • 扣除违约金：若施工单位违反相关条款，甲方可按合同约定扣除违约金或采取其他约定的惩罚措施，如暂停支付部分工程款项等。

3. 发出书面整改通知：

   • 整改通知：若沟通无果，甲方可向施工单位发出书面整改通知，明确指出其不服从管理的行为，并限定其在一定时间内整改到位。同时，应明确未整改或整改不到位的后果，如继续扣除工程款、解除合同等。
   • 监督整改：在整改期间，甲方应加强对施工现场的监督，确保施工单位按照整改通知的要求进行整改。

4. 采取法律措施：

   • 律师函警告：若施工单位仍拒不改正，甲方可向其发送律师函，表明将通过法律途径追究其责任。律师函具有法律威慑力，有助于促使施工单位履行义务。
   • 解除合同：在施工单位严重不服从管理且多次沟通、警告无效的情况下，若达到合同解除条件，甲方可依法解除合同。解除合同前，甲方应收集充分证据，并遵循严格的法律程序，以应对可能的法律纠纷。
   • 法律诉讼：若解除合同后，施工单位仍不履行相关义务或造成甲方损失，甲方可通过法律诉讼途径追究其责任，要求赔偿损失。

5. 加强现场监督与管理：

   • 增派管理人员：甲方可增派专业管理人员或聘请第三方监理机构，加强对施工现场的监督和管理，确保施工单位按照合同要求进行施工。
   • 定期检查：甲方应定期对施工现场进行检查，及时发现并纠正施工单位的不服从管理行为。

6. 行业通报与信誉影响：

   • 行业通报：对于拒不改正的施工单位，甲方可向当地建设行业主管部门或相关行业协会反映情况，由其进行通报批评。
   • 信誉影响：行业通报将影响施工单位的行业信誉和未来承接项目的能力，从而对其形成一定的制约。

在处理过程中，甲方应详细记录施工单位的不服从管理行为及自身的管理措施，确保有充分的证据支持后续的法律行动。同时，甲方应坚持原则、维护权益的同时，也注重沟通和协作，以寻求最佳解决方案。若您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。