结论：在特定情况下，农民工即使劳动公司已将劳务费支付给转包人，仍有可能起诉劳务公司。具体能否起诉及起诉的依据，需结合实际情况和相关法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同相对性原则下的常规情况
通常情况下，劳务合同纠纷应遵循合同相对性原则。这意味着，如果农民工是与转包人签订的劳务合同，那么他们应向转包人主张劳务费。在此情况下，如果劳务公司已经按照与转包人的约定支付了劳务费，农民工通常不能直接起诉劳务公司。
二、突破合同相对性的特殊情形
然而，存在一些特殊情形，使得农民工可以突破合同相对性，直接起诉劳务公司或其他相关方：
违法分包或转包：
- 如果劳务公司（或发包方）将工程违法分包给不具备资质的单位或个人，导致农民工工资被拖欠，根据《保障农民工工资支付条例》第三十六条，劳务公司（或发包方）需承担连带清偿责任。
- 在此情况下，农民工可以直接起诉劳务公司，要求其支付拖欠的劳务费。
未履行资金监管义务：
- 如果劳务公司未按规定开设或使用农民工工资专用账户，或未监督施工总承包单位（如转包人）按时足额支付工资，导致农民工工资被拖欠，劳务公司也需承担相应责任。
- 农民工可以以此为由，起诉劳务公司要求支付工资。
劳务公司直接参与或知情拖欠：
- 如果劳务公司直接参与了拖欠工资的行为，或者明知转包人拖欠工资而未采取措施，农民工也可以起诉劳务公司。
三、起诉前的准备与注意事项
证据收集：
- 农民工在起诉前应收集相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条、银行转账凭证等，以证明劳务关系和欠款事实。
法律程序：
- 农民工应优先通过劳动保障监察部门或行业主管部门进行协调，尝试达成和解协议。
- 如果协调无果，农民工可以向人民法院提起诉讼，要求劳务公司支付拖欠的劳务费。
诉讼时效与管辖：
- 农民工应在知道权利被侵害之日起三年内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。
- 通常应向被告住所地或合同履行地基层人民法院提起诉讼。
四、建议与风险提示
- 建议：农民工在遇到劳务费被拖欠的情况时，应首先尝试与转包人或劳务公司协商解决。如果协商无果，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。
- 风险提示：即使胜诉，如果劳务公司无财产可供执行，农民工仍可能面临执行难的问题。因此，在起诉前应尽可能了解劳务公司的财产状况，并考虑采取财产保全等措施。
总结：农民工在劳动公司已将劳务费支付给转包人的情况下，能否起诉劳务公司取决于多种因素。如果存在违法分包、未履行资金监管义务或劳务公司直接参与拖欠等情形，农民工可以起诉劳务公司。在起诉前，农民工应收集相关证据，并了解法律程序和诉讼时效等规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。