解除劳动合同协议上注明“本人已领取了应发工资”，并不直接等同于已实际支付工资，该条款仅构成双方对工资支付事项的确认意向，实际支付情况需结合其他证据综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 条款的法律性质

• 确认条款：协议中的“已领取应发工资”属于双方对工资支付状态的确认条款，其效力取决于实际履行情况。若用人单位未实际支付，该条款可能因未履行而无效。
• 举证责任：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，用人单位需对工资支付事实承担举证责任。若仅凭协议条款而无转账记录、签字收据等证据，可能无法证明实际支付。

2. 实际支付的关键证据

• 转账记录：银行流水或电子支付凭证是证明工资支付的最直接证据。若用人单位通过银行转账支付，需提供转账时间、金额与协议一致的记录。
• 签字收据：若以现金形式支付，需劳动者签字确认的收据。无收据的情况下，用人单位可能面临举证不能的风险。
• 工资条：用人单位提供的工资条需明确显示支付时间、金额及支付方式，并与协议内容一致。

3. 劳动者维权路径

• 申请劳动仲裁：若劳动者主张未收到工资，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿。
• 举证要点：劳动者需提供协议原件作为证据，同时可要求用人单位出示工资支付凭证。若用人单位无法提供，仲裁机构可能支持劳动者的主张。
• 诉讼阶段：若对仲裁结果不服，劳动者可向法院提起诉讼。法院将综合审查协议条款、支付凭证及双方陈述，作出最终判决。

4. 特殊情形分析

• 协议显失公平：若协议中“已领取工资”条款系用人单位利用优势地位迫使劳动者签订，劳动者可依据《民法典》第一百五十一条主张撤销协议。
• 恶意串通：若用人单位与劳动者恶意串通，通过虚假确认工资支付以逃避债务，该条款可能因违反《民法典》第一百五十四条而无效。

5. 法律建议

• 劳动者：签订解除协议前，务必核实工资到账情况，要求用人单位提供支付凭证并妥善保存。若发现未支付，应拒绝签字或及时通过法律途径维权。
• 用人单位：应确保工资实际支付后再要求劳动者签订确认条款，避免因举证不能而承担法律责任。同时，完善工资支付流程，保留完整证据链。

总结：解除劳动合同协议中的“已领取应发工资”条款仅具有初步证明效力，实际支付情况需以转账记录、签字收据等客观证据为准。若发生争议，双方应积极举证，通过法律途径解决。如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询。