行政协议纠纷案是否应当由组织合议庭审理，需视具体情况而定，但通常涉及重大、复杂或社会影响广泛的行政协议纠纷案，会由合议庭进行审理。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律规定与合议庭的组成
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，人民法院审理行政案件，由审判员组成合议庭，或者由审判员、陪审员组成合议庭。合议庭的成员人数，必须是三人以上的单数。这一规定为行政案件（包括行政协议纠纷案）的合议庭审理提供了法律依据。
二、行政协议纠纷案的特点与合议庭审理的适用性
案件性质：行政协议纠纷案涉及行政机关与公民、法人或其他组织之间的协议关系，往往涉及公共利益和行政权力的行使。这类案件通常具有复杂性、专业性和敏感性，需要由具备专业知识和丰富经验的法官进行审理。
案件复杂程度：对于重大、复杂或社会影响广泛的行政协议纠纷案，合议庭审理能够集合多位法官的智慧和经验，确保案件的公正、公平和高效审理。合议庭成员可以从不同角度对案件进行深入分析和讨论，形成更为全面和准确的判决。
社会影响：行政协议纠纷案往往涉及公众利益，其审理结果可能对社会产生广泛影响。合议庭审理能够增强审判的透明度和公信力，减少社会对审判结果的质疑和不满。
三、合议庭审理的具体情形
重大、复杂案件：对于涉及金额巨大、法律关系复杂或社会影响广泛的行政协议纠纷案，人民法院通常会组织合议庭进行审理。这有助于确保案件的公正处理，维护社会稳定和公共利益。
当事人申请：在某些情况下，当事人可能向人民法院申请组成合议庭审理其行政协议纠纷案。如果人民法院认为申请合理且符合法律规定，可能会同意组成合议庭进行审理。
法院依职权决定：除了当事人申请外，人民法院也可以依职权决定组成合议庭审理行政协议纠纷案。这通常发生在法院认为案件具有特殊性或需要特别关注的情况下。
四、法律建议
了解案件性质：在面临行政协议纠纷案时，当事人应首先了解案件的性质和复杂程度，以便判断是否需要由合议庭进行审理。
积极申请合议庭审理：如果当事人认为案件具有重大性、复杂性或社会影响广泛，可以向人民法院申请组成合议庭进行审理。在申请时，应提供充分的理由和证据支持自己的观点。
配合法院工作：无论案件是否由合议庭进行审理，当事人都应积极配合法院的工作，提供必要的证据和材料，以便法院能够全面、准确地了解案件情况并作出公正判决。
如有任何关于行政协议纠纷案的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。