结论：公司出钱给员工考证书，员工辞职后公司能否扣培训费，需根据具体情况判断。若双方签订了有效的服务期协议且员工违反约定，公司扣除相应培训费（以违约金形式）是合法的；反之，则不合法。
合法情况分析
签订了服务期协议且违约：
- 根据《劳动合同法》第二十二条，若公司为员工提供了专项培训费用（如考证费用），并与其订立了约定服务期的协议，员工违反该约定时，应按照协议支付违约金。违约金的数额不得超过公司提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 举例：公司花费5000元送员工参加某专业证书考试，并约定员工需在公司服务3年。若员工在服务期内第1年辞职，公司有权根据协议扣除相应的违约金，具体数额需根据服务期未履行部分（2年）占整个服务期（3年）的比例来计算，即最多扣除约3333元（5000元×2/3）。
符合保密或竞业限制协议（与培训费用直接关联）：
- 若员工与公司签订了保密协议或竞业限制协议，并违反了相关约定，且培训费用与这些协议有直接关联，并在协议中有明确约定，那么公司扣除相应费用也可能是合法的。但这种情况较为特殊，需具体分析协议内容。
不合法情况分析
未签订服务期协议或未违约：
- 若双方未签订服务期协议，或员工虽签订了协议但未违反服务期约定，公司擅自从员工工资中扣除培训费是违法的。员工有权要求公司返还被扣除的费用。
常规职业培训或考证不属于专项培训：
- 若公司为员工提供的考证培训属于常规职业培训，如公司规章制度培训、基本业务操作培训等，或考证并不属于公司提供的专项技术培训，那么这些培训费用应视为公司对员工的福利投入，不得在员工离职时扣除。
未提供实际培训或证据不足：
- 若公司无法提供支付凭证、培训记录等确凿证据证明实际开展了培训活动并支出了培训费用，那么在员工离职时扣除培训费是不合法的。员工有权要求公司提供相关证据，否则应返还被扣除的费用。
约定不明确或未经协商一致：
- 若公司与员工就培训费用、服务期等事项没有进行明确的书面约定，或虽有约定但未经员工本人签字确认、协商一致，公司单方面扣除培训费也是不合法的。员工有权拒绝支付未经协商一致的培训费用。
法律建议与行动指南
员工角度：
- 在面临公司扣除培训费的情况时，应首先检查自己是否签订了服务期协议、是否违反了协议约定，以及公司是否能提供充分的证据证明培训费用的实际发生。
- 若认为公司扣除培训费的行为不合法，可与公司进行协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
公司角度：
- 在为员工提供专项培训并签订服务期协议时，应确保协议内容明确、合法有效，并妥善保存培训费用的相关证据（如发票、培训记录等）。
- 在员工离职时，若需扣除培训费作为违约金，应严格按照协议约定和法律规定进行操作，避免违法扣除引发纠纷。
总结：公司出钱给员工考证书后，员工辞职时公司能否扣培训费，需根据双方是否签订了有效的服务期协议、员工是否违反了该协议以及公司是否能提供确凿的证据证明培训费用的实际发生来判断。员工和公司都应遵守相关法律法规，尊重对方的合法权益，避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。