结论前置：公司出钱让员工考证，员工辞职后公司不给证书的行为是否合法，主要取决于公司与员工之间是否有相关协议以及协议的具体内容。若协议合法且明确约定了服务期和证书处理方式，则公司暂扣证书可能具有合理性；若无相关协议或协议内容违法，公司扣留证书则是违法的，员工有权通过法律途径维护自己的权益。
一、证书归属与协议约定
证书属于员工个人：
- 通常情况下，员工通过考试获得的证书是对其个人知识、技能和资质的认证，具有个人属性。因此，从一般原则出发，证书本身应归员工个人所有。
特殊约定的合法性：
- 如果公司在出资培训员工考证时，与员工签订了相关协议，并明确约定了服务期、证书处理方式及违约责任等，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么公司在员工违反服务期约定时暂扣证书或要求赔偿培训费用，在一定程度上具有合理性。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。
无协议或协议内容违法：
- 如果公司没有与员工签订相关协议，或者协议中没有关于服务期、证书处理等合理约定，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么公司扣留员工证书的行为是违法的。
二、员工权益维护与救济途径
查看相关约定：
- 员工应首先查看与公司之间的劳动合同或相关协议，了解是否有关于考证费用承担、证书归属及服务期等方面的约定。
协商解决：
- 在发现公司扣留证书后，员工应与公司进行协商，说明公司扣留证书的行为可能违法，并要求公司返还证书。在协商过程中，注意保留好相关的聊天记录、通话录音等证据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位进行调查和处理。员工需要提供能够证明自己身份、与公司存在劳动关系以及公司扣留证书等相关证据材料。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果投诉仍无法解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还证书。如果员工对仲裁结果不满意，还可以在规定的期限内向人民法院提起诉讼。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。同时，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等也为员工维护自身权益提供了法律支持。
三、实际案例与法律后果
- 实际案例：假设某公司出资让员工小李参加专业培训并考取相关证书，同时与小李签订了服务期协议，约定小李需在公司服务满一定年限。若小李在服务期内辞职，公司根据协议暂扣其证书，并要求小李支付违约金。若协议合法且违约金数额合理，公司的行为可能具有合法性。但若协议违法或违约金数额过高，小李有权通过法律途径维护自己的权益。
- 法律后果：若公司违法扣留员工证书，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，公司还可能因侵犯员工权益而承担民事赔偿责任。
四、总结与建议
- 总结：公司出钱让员工考证后，员工辞职时公司不给证书的问题，需要根据具体情况和法律规定来处理。员工应首先了解自己与公司之间的相关约定，并在发现权益受损时及时采取法律手段进行维权。
- 建议：作为员工，在签订相关协议时应仔细阅读条款内容，确保自己的权益得到保障。同时，在发现公司扣留证书等违法行为时，应勇敢站出来维护自己的合法权益。作为公司，也应遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益，避免不必要的法律纠纷。
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