结论：公司要求每月从工资中扣除1000元作为社保费用是否合法，需结合具体缴费基数、比例及当地政策综合判断，不能直接认定合法或违法。以下分情况详细说明：
1. 若扣除的1000元符合当地社保缴费基数及比例规定，则合法
- 社保费用由个人和单位共同缴纳，个人承担部分通常包括养老保险（8%）、医疗保险（2%）、失业保险（0.5%-1%），具体比例因地区而异。例如，若当地社保缴费基数为10000元，则个人每月需缴纳：
- 养老保险：10000×8%=800元
- 医疗保险：10000×2%=200元
- 失业保险：10000×0.5%=50元
合计约1005元，此时公司扣除1000元属于合理范围。
- 关键点：需核对当地社保局公布的缴费基数（通常为上年度社平工资的60%-300%）及比例，若公司按实际工资申报且未超过上限，则扣除金额合法。
2. 若扣除的1000元超过法定比例或基数，则违法
- 常见违法情形：
- 公司未按实际工资申报缴费基数，而是按最低基数缴纳，但要求员工补足差额（如实际工资15000元，却按5000元基数缴纳，个人应缴400元，但公司要求扣1000元）。
- 公司将单位应承担的部分转嫁给员工（如养老保险单位应缴16%，但要求员工承担全部24%）。
- 法律依据：
- 《社会保险法》第六十条：职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位不得要求职工承担单位应缴纳的费用。
- 《劳动保障监察条例》第二十七条：用人单位未按时足额缴纳社保的，由劳动部门责令改正，并可处罚款。
3. 若公司未缴纳社保却扣钱，则严重违法
- 部分公司可能以“社保补贴”名义扣钱，但实际未向社保局缴费。此时员工不仅损失了社保权益（如医保报销、养老金积累），还可能面临退休后无法领取养老金的风险。
- 应对措施：
- 要求公司提供社保缴费凭证（如《社会保险个人权益记录单》）。
- 若公司拒绝，可向当地社保局投诉（电话12333）或申请劳动仲裁，主张补缴社保并返还扣款。
4. 特殊情况：员工自愿放弃社保的约定无效
- 即使员工签署“自愿放弃社保”的协议，该约定也因违反《社会保险法》而无效。公司仍需补缴，且可能面临行政处罚。
行动建议：
- 核对工资条：查看社保扣除项目是否明确标注“养老保险”“医疗保险”等，并核对缴费基数是否与实际工资一致。
- 查询当地政策：通过当地社保局官网或12333热线，确认缴费基数上限及比例。
- 保留证据：保存工资条、劳动合同、社保缴费记录等，以备维权使用。
- 及时维权：若发现公司违法，可在1年内申请劳动仲裁，主张补缴社保、返还扣款及经济补偿。
如有进一步疑问（如具体地区政策、维权流程等），可直接向我咨询，我会结合您所在地的规定详细解答。