结论前置：在招标合同已签且工程接近尾声时收到质疑文件，需根据质疑内容、主体及合同条款等具体情况，采取针对性措施妥善处理，以避免法律风险和工程损失。以下是具体处理建议：

1. 核实质疑文件的合法性与有效性

• 质疑主体资格：首先确认质疑方是否为招标文件规定的合法质疑人（如潜在投标人、利害关系人）。若质疑方无资格，可书面驳回并说明理由。
• 质疑期限：检查质疑是否在法定或招标文件规定的期限内提出（如《招标投标法》规定质疑需在知道或应当知道权益受损之日起7日内提出）。逾期质疑可不予受理。
• 形式要件：核实质疑文件是否符合法定形式（如书面形式、签字盖章、明确诉求等）。若形式不合法，可要求补正或直接驳回。

2. 分析质疑内容，分类处理

• 程序性质疑（如招标流程违规）：
  • 核查招标过程是否符合《招标投标法》及招标文件规定（如开标、评标、公示等环节）。
  • 若存在程序瑕疵，需评估对合同效力的影响。轻微瑕疵（如公示时间不足）可能不影响合同效力；严重瑕疵（如串标、围标）可能导致合同无效。
  • 解决方案：与质疑方协商补正程序，或通过行政复议、诉讼等途径确认程序合法性。
• 实体性质疑（如合同条款违法、工程变更违规）：
  • 审查合同条款是否违反法律强制性规定（如最低价中标、垫资条款等）。
  • 检查工程变更是否履行审批手续（如设计变更、工程量增减需经发包方或监理单位确认）。
  • 解决方案：若合同条款违法，需与对方协商修改；若工程变更违规，需补办手续或调整工程价款。

3. 启动内部调查与证据固定

• 成立专项小组：由法务、工程、财务等部门组成，全面核查质疑事项。
• 收集证据：保留招标文件、合同、往来函件、会议纪要、付款凭证等材料，证明招标及合同履行过程的合法性。
• 第三方鉴定：如涉及工程质量、造价等专业问题，可委托第三方机构出具鉴定报告，增强说服力。

4. 与质疑方沟通协商

• 书面回复：在法定期限内（如收到质疑后3日内）向质疑方出具书面答复，说明调查结果及处理意见。
• 协商解决：若质疑事项属实且影响较小，可协商调整合同条款或补偿方案（如延长工期、增加费用），避免诉讼。
• 拒绝无理质疑：若质疑无事实依据，可明确拒绝并保留追究对方责任的权利。

5. 应对行政监督或诉讼风险

• 行政投诉：若质疑方向行政监督部门投诉，需积极配合调查，提供证据材料，争取行政机关支持。
• 诉讼准备：若质疑方提起诉讼，需在答辩期内提交答辩状及证据，必要时申请法院调查取证或司法鉴定。
• 反诉策略：若质疑方存在恶意质疑行为（如捏造事实、干扰工程），可反诉其侵犯名誉权或合同违约。

6. 完善合同与招标文件

• 补充条款：在后续合同中增加“质疑处理”条款，明确质疑期限、形式、处理流程及违约责任。
• 风险防范：优化招标文件，细化评标标准、合同变更程序等，减少争议空间。

提示：招标合同纠纷涉及程序法与实体法交叉，处理不当可能导致合同无效、工程停工或赔偿损失。建议根据具体质疑内容，结合合同条款及法律规定，制定针对性方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询。