司机在交通事故中负主责且已死亡的情况下，一般不能认定为工伤，但也存在特殊情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
根据《工伤保险条例》的相关规定，在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。这里明确强调了“非本人主要责任”这一关键条件。因此，如果司机在交通事故中承担主要责任，那么通常情况下无法认定为工伤。
二、特殊情形
尽管司机在交通事故中负主责，但在某些特殊情形下，仍有可能被认定为工伤。这些特殊情形包括：
工作时间和工作场所内因工作原因受伤：
- 如果司机是在工作时间和工作场所内，因工作原因受到交通事故伤害，即便其负主责，也有可能被认定为工伤。例如，司机在工作期间驾驶公司车辆进行运输任务时发生交通事故。
因工外出期间受伤：
- 如果司机是因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的，也应当认定为工伤。例如，长途货运司机在执行运输任务途中遭遇交通事故身亡，若其本人对事故不负主要责任（但在此假设中司机负主责，不过若存在其他工作相关因素导致事故，仍有可能被认定），或者虽然负主责但事故性质与工作紧密相关，可能构成工伤的特殊情形。不过，严格来说，若司机完全因个人驾驶行为（如超速、违规变道等）负主责，则此条不适用。但为全面分析，我们仍列出此情形以供参考。实际认定中需结合具体证据。
从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受伤：
- 工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到交通事故伤害的，也可能被认定为工伤。例如，司机在工作结束后，对车辆进行清洁、检查等收尾工作时发生意外。但同样，若司机在此过程中因个人疏忽或违规行为负主责，则认定工伤的难度较大，需具体分析事故原因与工作关联性。
视同工伤的情形：
- 根据《工伤保险条例》第十五条，在工作时间和工作岗位上突发疾病死亡，或在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受伤的，可视同工伤。但司机正常驾驶时突发疾病死亡需满足“工作时间+工作岗位”双重要件，且与交通事故无直接关联。交通事故本身不直接构成视同工伤的理由，除非能证明事故与工作有直接且特殊的联系（如紧急运输任务中因工作强度过大导致突发疾病引发事故，但此情况极为罕见且认定复杂）。
三、法律建议
收集证据：
- 如果认为司机的情况可能符合工伤认定的特殊情形，建议尽快收集相关证据，如工作记录、事故现场照片、交警部门的事故责任认定书等。
申请工伤认定：
- 在规定时间内向劳动保障行政部门申请工伤认定。申请时需提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书等。
咨询专业律师：
- 由于工伤认定涉及复杂的法律问题和证据收集，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。不过，作为孙润润律师，我可以直接为您提供这方面的法律咨询，您有任何疑问都可以直接向我提问。
综上所述，司机在交通事故中负主责且已死亡的情况下，一般不能认定为工伤，但也存在特殊情形。具体能否认定为工伤，需结合事故的具体情况、工作性质以及相关法律法规进行综合判断。