该私下签署的协议是否有效，需分情况讨论：

1. 若房产为父亲个人财产且父亲在世时签署：

   • 协议有效条件：若父亲在世时，与姐妹两人签署了关于房产分配的协议，且该协议是父亲真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，同时协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。但需要注意的是，房产证上的登记具有公示公信力，若仅协议有效而未办理房产过户手续，姐姐作为房产证上的登记人，在法律上仍被视为房产的所有人。此时，若姐姐违反协议约定，拒绝将房产分配给妹妹，妹妹虽可依据协议向法院提起诉讼，要求姐姐履行协议，但诉讼过程可能复杂且耗时。
   • 建议：为确保协议的有效执行，建议在父亲在世时，尽快办理房产过户手续，将房产登记为姐妹两人共有，或按照协议约定进行分配。

2. 若房产为父亲遗产且父亲去世后签署：

   • 协议效力存疑：若父亲去世后，姐妹两人私下签署协议，约定对父亲留下的房产享有权利，该协议的效力可能存在问题。因为此时房产已作为父亲的遗产，其分配应遵循法定继承或遗嘱继承的规定。若父亲未留下遗嘱，则房产应按照法定继承顺序进行分配；若父亲留下遗嘱，则应按照遗嘱进行分配。姐妹两人私下签署的协议，若未经其他法定继承人（如母亲、其他子女等）的同意，可能损害其他继承人的合法权益，从而被认定为无效。
   • 建议：在父亲去世后，应首先确定房产的继承方式（法定继承或遗嘱继承），并按照法定程序进行房产分配。若姐妹两人希望共同享有房产，可与其他法定继承人协商，达成一致意见后，通过合法途径（如办理房产过户手续）实现房产的共有。

3. 协议形式与内容要求：

   • 形式要求：无论房产是父亲个人财产还是遗产，私下签署的协议都应采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。口头协议在法律上可能难以证明其存在和内容，从而不利于维护当事人的合法权益。
   • 内容要求：协议内容应明确、具体，包括房产的地址、面积、价值等基本信息，以及姐妹两人对房产的分配方式、比例等具体约定。同时，协议应注明签署日期和地点，以便在发生争议时作为证据使用。

法律后果与风险提示：

• 若协议被认定为无效，姐妹两人可能无法按照协议约定享有房产权利，从而引发家庭纠纷和法律诉讼。
• 即使协议被认定为有效，若未办理房产过户手续，姐姐作为房产证上的登记人，仍可能面临被第三人追索房产的风险（如姐姐因债务问题被法院强制执行房产）。

建议与操作指南：

• 在签署任何关于房产分配的协议前，建议咨询专业律师，确保协议内容合法、有效。
• 若可能，应尽快办理房产过户手续，将房产登记为姐妹两人共有或按照协议约定进行分配，以避免潜在的法律风险。
• 在处理家庭财产纠纷时，应保持冷静和理性，通过合法途径解决争议，避免激化矛盾。

如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。