针对您提出的中标后业主发现报价大部分单价过低、个别单价过高的问题，这确实是一个在工程招投标及后续合同执行中可能遇到的复杂情况。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、法律背景与原则
首先，我们需要明确的是，根据《招标投标法》第三十三条的规定，投标人不得以低于成本的报价竞标。这一规定旨在维护招投标市场的公平竞争秩序，防止恶意低价竞标导致的工程质量问题。因此，如果中标价格确实低于成本价格，且这种低价竞标行为被证实，那么据此签订的建设工程施工合同在法律上可能被视为无效。
二、问题分析
单价过低问题：
- 如果大部分单价过低，可能意味着投标人在报价时未能充分考虑实际成本，或者存在恶意低价竞标的行为。
- 这可能导致承包人在执行合同过程中面临成本超支的风险，进而影响工程质量和进度。
个别单价过高问题：
- 个别单价过高可能反映了投标人在报价时的不均衡性，或者是对某些特定项目成本的误判。
- 这可能引发业主对报价合理性的质疑，甚至影响合同的顺利执行。
三、应对策略
与业主沟通协商：
- 承包人应主动与业主进行沟通，解释报价的构成和依据，特别是针对单价过低和过高的部分进行详细说明。
- 如果确实存在报价错误或不合理之处，可以协商调整报价或签订补充协议。
举证成本价：
- 如果业主对报价提出质疑，承包人应准备充分的证据来证明其报价的合理性，包括成本计算、市场价格调研等。
- 特别是针对单价过低的部分，承包人需要严格举证其成本价，以证明报价并未低于成本。
考虑合同变更或索赔：
- 如果合同执行过程中因单价问题导致成本超支或工程质量受影响，承包人可以根据合同条款和法律规定提出合同变更或索赔请求。
- 但需要注意的是，索赔必须基于充分的证据和合理的理由，否则可能面临失败的风险。
寻求法律援助：
- 如果与业主的沟通协商未能达成一致，或者业主坚持认为报价存在问题并采取法律行动，承包人应及时寻求法律援助。
- 专业的律师可以帮助承包人分析法律风险、制定应对策略，并在必要时代表承包人进行法律诉讼。
四、预防措施
为了避免类似问题的发生，承包人在未来的招投标活动中应：
- 加强报价管理，确保报价的准确性和合理性。
- 充分了解市场价格和成本构成，避免恶意低价竞标。
- 在合同签订前仔细审查合同条款，确保合同内容明确、合理。
综上所述，中标后业主发现报价大部分单价过低、个别单价过高的问题需要承包人积极应对、妥善处理。通过与业主的沟通协商、举证成本价、考虑合同变更或索赔以及寻求法律援助等措施，可以有效解决这一问题并维护承包人的合法权益。