核心结论：犯罪嫌疑人一直不在户籍地，司法机关会通过多种方式推进案件，同时需结合具体案情和法律规定来处理。以下是具体分析：

1. 司法机关的管辖与调查
   根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，刑事案件的管辖通常以犯罪行为发生地为主，户籍地并非唯一管辖依据。若犯罪嫌疑人不在户籍地，司法机关（如公安机关、检察院）可通过以下方式处理：

   • 跨区域协作：公安机关可通过内部协作机制（如“网上追逃”）或跨地区警务合作，请求嫌疑人实际居住地或藏匿地的公安机关协助调查、抓捕。
     
   • 指定管辖：若案件涉及多个地区，上级司法机关可指定某一地区集中管辖，避免因地域问题导致程序停滞。
     
   • 技术手段追踪：通过通信记录、网络轨迹、资金流向等技术手段锁定嫌疑人位置，即使其不在户籍地，也可依法采取强制措施（如拘留、逮捕）。

2. 对案件程序的影响

   • 侦查阶段：公安机关需在法定期限内完成侦查（一般2个月，可延长），若嫌疑人长期潜逃，可能通过“通缉”程序公开追捕，同时继续收集证据。
     
   • 审查起诉与审判：检察院、法院可依法缺席审理（如特定类型案件），或中止审理待嫌疑人归案后恢复。但实践中，多数案件需嫌疑人到案才能推进实质程序。
     
   • 量刑考量：若嫌疑人归案后存在逃避侦查、审判的行为，可能作为量刑从重情节（如《刑法》第67条关于自首的规定）。

3. 家属或相关方的注意事项

   • 配合调查：若家属知晓嫌疑人下落，应主动联系公安机关说明情况，隐瞒或协助逃匿可能构成包庇罪（《刑法》第310条）。
     
   • 法律权利保障：嫌疑人虽潜逃，但其合法权益（如委托律师、申请取保候审）仍受法律保护，归案后需及时行使。
     
   • 程序合法性监督：若司法机关在跨区域调查中存在程序违法（如非法搜查、扣押），可依法提出申诉或控告。

总结建议：犯罪嫌疑人不在户籍地不会导致案件“搁置”，司法机关会通过法律程序推进调查与追捕。若您是家属或相关方，建议保持与办案机关的沟通，避免因消极应对引发法律风险。如有具体案情需进一步分析，可直接向我提问。