针对您提出的“建筑公司要求劳务公司员工个人借款发放工资怎么办”这一问题，我们可以从法律和实务操作两个层面来详细分析和解答。
首先，从法律角度来看，建筑公司若通过借款形式向劳务公司员工（或劳务班组负责人）发放工资，并试图在事后以借款名义起诉要求还款，这种做法在法律上可能并不保险。因为工程行业具有其特殊性，法院在处理此类纠纷时，往往会认为相关款项虽名为借款，但实际性质可能是工程垫资。所产生的纠纷应当在工程结算付款纠纷中进行处理，而非简单的民间借贷纠纷。因此，建筑公司以借款名义起诉要求还款并支付利息的诉求，可能无法得到法院的支持。
接下来，从实务操作层面，我们给出以下建议：
核实劳务工程款支付情况：
- 建筑公司应首先核实与劳务公司的工程款支付情况，确认是否已超付工程款（进度款）。
- 如果工程未结算，还存在剩余未到期的工程款未付，建议建筑公司以代付形式支付相关的农民工工资。
签署代付协议：
- 如果建筑公司决定代付农民工工资，应与劳务公司（或劳务班组负责人）签署代付协议。
- 协议中需要明确代付款的金额、用途、支付方式等关键信息。
- 同时，可以对工期、施工质量等约定相应的制约条款，以确保劳务公司按照约定履行义务。
- 如果劳务公司违反相关约定，建筑公司有权直接要求其返还该部分代付工程款或有权解除双方合同直接进行结算，在结算中将该代付款事宜一并处理，多退少补。
完善配套文件：
- 建筑公司应注意配套完善签署委托代付函、农民工结欠承诺函等文件。
- 保留好工资发放凭证，以备后续可能出现的纠纷或审计。
对于已结算无欠款的情形：
- 如果工程已完成结算，已无剩余欠付工程款，建筑公司可与劳务公司（或劳务班组负责人）签署借款协议。
- 协议中应明确约定借款用途、还款期限、利息标准、违约责任等关键条款。
- 注意留存借款发放凭证，以便在到期未还款时，按照民间借贷纠纷主张相应权利。
综上所述，建筑公司在面对劳务公司员工个人借款发放工资的问题时，应谨慎处理，避免陷入法律纠纷。建议通过核实工程款支付情况、签署代付协议、完善配套文件以及在必要时签署借款协议等方式来妥善解决这一问题。