结论：上满30天却按29天计算工资，并扣除一天工资的做法，通常是不合法的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、从劳动合同和公司规章制度的角度分析
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了工作天数与工资支付的关系，比如“每月工作30天，支付全额工资”，那么用人单位就必须按照这一约定来执行。
- 如果劳动合同中没有明确规定，或者规定与实际情况不符，那么就需要参考公司规章制度或相关法律法规。
公司规章制度：
- 公司规章制度是用人单位为了规范内部管理而制定的规则。如果规章制度中明确规定了工作天数与工资支付的关系，并且这一规定不违反法律法规，那么用人单位可以按照规章制度来执行。
- 但是，如果规章制度中的规定违反了法律法规，或者没有明确规定，那么用人单位就不能随意扣除劳动者的工资。
二、从相关法律法规的角度分析
《中华人民共和国劳动法》：
- 根据《劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这意味着，用人单位必须按时足额支付劳动者的工资，不能随意扣除。
- 如果用人单位因为劳动者上满30天却按29天计算工资而扣除一天工资，这实际上是一种克扣工资的行为，违反了《劳动法》的规定。
《工资支付暂行规定》：
- 根据《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”
- 显然，因为工作天数计算问题而扣除工资并不属于上述可以代扣工资的情况。
三、特殊情况说明
- 如果劳动者与用人单位之间有特别的约定，比如通过加班费、调休等方式来补偿工作天数超出标准的情况，并且这一约定是双方自愿、平等、公平的，那么可能不构成违法。但是，这种约定必须明确、具体，并且不违反法律法规的强制性规定。
四、建议与后果
建议：
- 如果你遇到了这种情况，首先应该与用人单位进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
后果：
- 如果用人单位的行为被认定为违法，那么它可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。
- 同时，这种行为也可能对用人单位的声誉和形象造成负面影响。
总结：上满30天却按29天计算工资并扣除一天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。如果你遇到了这种情况，建议及时与用人单位沟通或寻求法律援助来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。