结论前置：法院受理民事案件后，若发现被告系未经法定程序产生的组织，通常会采取驳回起诉、中止诉讼或追加/变更被告等处理方式，具体取决于案件实际情况和法律程序要求。

1. 驳回起诉：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合一定的条件，包括有明确的被告。若被告系未经法定程序产生的组织，即被告主体资格不合法或不存在，则起诉可能因不符合法定条件而被驳回。
   • 处理方式：法院在审查起诉材料时，若发现被告主体资格存在问题，会依法作出驳回起诉的裁定，并告知原告可以另行起诉符合条件的被告。

2. 中止诉讼：

   • 特殊情况：在某些情况下，虽然被告主体资格存在问题，但案件涉及的事实或法律关系可能仍然需要进一步查明或处理。此时，法院可能会选择中止诉讼，等待相关问题的解决。
   • 处理方式：法院会作出中止诉讼的裁定，并告知双方当事人等待进一步通知。在中止诉讼期间，法院可能会要求原告补充相关材料或进行其他必要的调查。

3. 追加或变更被告：

   • 实际情况：如果被告组织虽然未经法定程序产生，但存在与其相关的合法主体（如设立该组织的上级单位或实际控制人），且该合法主体与案件有直接利害关系，法院可能会考虑追加或变更被告。
   • 处理方式：法院会依法审查并决定是否追加或变更被告。如果决定追加或变更，会向双方当事人发出相应的通知，并重新安排庭审等诉讼程序。

额外建议：

• 在遇到此类情况时，原告应积极配合法院的工作，提供必要的证据材料，以便法院能够准确查明案件事实并作出公正裁决。
• 如果原告对法院的处理方式有异议，可以依法提出上诉或申请再审等法律救济途径。

在整个处理过程中，法院会严格遵循法定程序，确保案件的公正、公平处理。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。