结论：中连夜上16个小时夜班仅发50元是否合法，需结合具体工资结构、加班费计算基数及当地规定综合判断，但仅从时长和金额看，很可能不合法。

一、法律对加班费的基本规定

根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

对于夜班，若属于延长工作时间（即超出正常8小时工作制），则应按不低于工资的百分之一百五十支付加班费。

二、具体计算与判断

1. 假设正常工资标准：

   • 假设劳动者正常工资为每小时X元（需根据劳动合同或实际工资结构确定）。
   • 16小时夜班中，超出8小时的部分为8小时，应按150%计算加班费。

2. 加班费计算：

   • 加班费 = 8小时 × X元/小时 × 150% = 12X元。
   • 若仅发50元，则12X = 50，解得X ≈ 4.17元/小时。
   • 此工资水平极低，远低于多数地区的最低工资标准（如多数地区最低工资标准在每小时十几元至二十几元不等）。

3. 结合最低工资标准：

   • 根据《最低工资规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 若计算出的X值低于当地最低工资标准，则用人单位的行为违法。

三、可能存在的合法情形与例外

1. 工资结构特殊：

   • 若劳动者工资结构中包含高额固定加班费、奖金等，且整体收入不低于最低工资标准加加班费，则可能合法。
   • 但需明确约定，且不得违反最低工资标准。

2. 当地特殊规定：

   • 少数地区可能有特殊规定，但通常不会低于国家基本标准。
   • 需查阅当地具体规定，但此类例外极少。

四、建议与行动

1. 核查工资结构：

   • 要求用人单位提供工资结构明细，确认加班费计算基数。

2. 对比最低工资标准：

   • 查阅当地最低工资标准，确认计算出的时薪是否达标。

3. 协商与投诉：

   • 若发现违法，可先与用人单位协商，要求补发加班费。
   • 协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结：中连夜上16个小时夜班仅发50元，从常规计算和最低工资标准看，很可能不合法。建议核查工资结构、对比最低工资标准，并采取协商或投诉等行动维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。