结论：在对方证据有问题但已经通过调解协议结案的情况下，能否申请法院撤回调解书并判其无效，需视具体情况而定，但一般情况下，调解书生效后，不能随意申请撤回或判其无效，除非存在法定无效情形。
一、调解书的法律效力
调解书是人民法院根据双方当事人的调解协议制作的法律文书，具有法律效力。一旦调解书送达双方当事人并签收，即发生法律效力，双方当事人应当履行调解书所确定的义务。因此，调解书生效后，原则上不能随意申请撤回或判其无效。
二、申请调解书无效的情形
尽管调解书具有法律效力，但在某些特定情况下，当事人可以申请法院确认调解书无效。这些情形主要包括：
调解协议违反法律、行政法规的强制性规定：如果调解协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该调解协议无效，进而调解书也无效。
调解协议违背公序良俗：公序良俗是社会公共秩序和善良风俗的简称，如果调解协议的内容违背了公序良俗，那么该调解协议同样无效。
调解协议存在欺诈、胁迫等情形：如果一方当事人在调解过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方当事人违背真实意愿签订调解协议，那么该调解协议可以申请确认无效。
调解协议损害国家、集体或第三人利益：如果调解协议的内容损害了国家、集体或第三人的利益，那么该调解协议也无效。
三、申请确认调解书无效的程序
如果当事人认为调解书存在上述无效情形，可以向人民法院申请确认调解书无效。申请时，需要提交相关证据证明调解书存在无效情形。人民法院在受理申请后，会进行审查，并依法作出是否确认调解书无效的裁定。
四、针对您情况的具体分析
在您的情况下，如果对方证据确实存在问题，但这并不直接等同于调解书无效。您需要证明的是调解协议本身存在上述无效情形之一。例如，如果对方在调解过程中提供了虚假证据，导致您违背真实意愿签订了调解协议，那么您可以申请确认调解书无效。但仅仅因为对方证据有问题，并不足以直接申请撤回调解书或判其无效。
五、建议与后续行动
收集证据：如果您认为调解书存在无效情形，首先需要收集相关证据，如对方提供虚假证据的证明、调解过程中的录音录像等。
咨询专业律师：在收集证据后，建议您咨询专业律师，对证据进行评估，并确定是否具备申请确认调解书无效的条件。
向法院申请：如果律师认为具备申请条件，您可以向人民法院提交申请，请求确认调解书无效。
最后，如果您在婚姻家庭、合同纠纷、行政纠纷、刑事辩护、经济纠纷、劳动纠纷等领域有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业、全面的法律服务。