当您遇到上游企业拿着虚开发票的钱跑了的情况，这确实是一个复杂且棘手的问题，但您可以通过以下综合策略来应对，以最大程度地保障自己的合法权益。
一、税务合规与自查
立即响应并收集资料： 一旦发现上游企业虚开发票，您应立即行动，按照税务机关的要求，迅速整理并提供企业经营资料、交易凭证等，包括但不限于合同、发票、付款记录、运输单据等。这些资料将有助于证明您与上游企业的业务真实性。
详细证明业务真实性： 通过详细的资料和清晰的交易记录，您需要证明与上游企业的业务是真实发生的。这包括合同约定的货物或服务规格、数量、价格、交付方式等细节，以及付款记录与合同约定及发票金额的完全相符。
仔细核对发票信息： 对发票上的所有信息进行详细核对，如发票号码、开票日期、金额等，确保它们与实际交易内容完全一致。这是证明您善意取得发票的重要一环。
二、与税务机关积极沟通
建立有效沟通渠道： 主动与税务机关建立畅通的沟通渠道，及时了解协查的具体范围、重点和要求。这将有助于您更好地配合税务机关的调查工作。
提交核实申请与陈述申辩： 在规定时间内向税务机关提出核实申请，并提交相关证明材料。如果您坚信自己是善意取得发票，应提供充足证据进行陈述申辩，证明在交易过程中您并不知情发票为虚开，并且已经进行了合理的风险把控。
争取有利税务处理结果： 如果符合善意取得条件，您应积极争取免予承担虚开责任，仅需补缴已抵扣的进项税款，并且不加收滞纳金。即使不符合善意取得条件，也应积极与税务机关沟通，提出合理的补缴税款方案，争取从轻处罚。
三、法律救济与追讨损失
提起民事赔偿诉讼： 依据您与上游企业的合同，您可以以对方违约为由提起民事诉讼，要求赔偿因虚开发票造成的经济损失。即使上游企业已经跑路，您也可以通过诉讼固定债权，待发现其有可供执行财产时申请强制执行。
关注刑事追赃进展： 如果上游企业的虚开发票行为构成犯罪，您应及时向司法机关申报损失，并参与刑事诉讼。在刑事追赃过程中，您应积极争取获得相应赔偿，并将刑事判决结果作为民事索赔的有力证据。
四、完善内部管理与风险防控
加强供应商管理： 全面审查交易伙伴的工商登记信息、税务信用等级等，确保合作对象的合法性和信誉度。这将有助于您降低与不良供应商合作的风险。
优化发票管理流程： 建立严格的发票审核制度，核对发票票面信息，并通过官方渠道核实发票的真实性和有效性。这将有助于您及时发现并防范虚开发票的风险。
加强合同风险防范： 在合同中明确发票开具、提供的条款和责任，约定违约责任和赔偿责任。这将有助于您在发生纠纷时维护自己的合法权益。
寻求专业法律支持： 在处理此类问题时，您应寻求专业律师的法律支持，获取针对具体情况的法律建议和帮助。这将有助于您更有效地应对法律挑战和风险。
综上所述，面对上游企业虚开发票并跑路的情况，您应综合运用税务合规、法律救济和风险防控等策略，以确保自身合法权益得到充分保护。希望这些建议能对您有所帮助。