当遇到虚开发票的人跑了的情况，这确实是一个复杂且棘手的问题，但您可以通过一系列策略来应对，以最大程度地保护自己的合法权益。以下是一些详细且有针对性的建议：
一、立即响应与税务合规自查
收集资料：
- 一旦发现上游企业虚开发票并跑路，您应立即行动，收集所有与交易相关的资料，包括合同、发票、付款记录、运输单据等。这些资料将用于证明您与上游企业的业务真实性。
核对发票信息：
- 仔细核对发票上的所有信息，如发票号码、开票日期、金额等，确保它们与实际交易内容完全一致。任何不一致都可能成为税务机关质疑的焦点。
证明业务真实性：
- 利用收集到的资料，详细阐述与上游企业的交易过程，包括货物或服务的规格、数量、价格、交付方式等。确保您的陈述清晰、准确，能够充分证明业务的真实性。
二、积极与税务机关沟通与合作
建立沟通渠道：
- 主动与税务机关取得联系，建立畅通的沟通渠道。了解税务机关对协查的具体要求，包括需要提供的资料、协查的范围和重点等。
提交核实申请与陈述申辩：
- 在规定时间内向税务机关提交核实申请，并附上所有相关证明材料。如果您坚信自己是善意取得发票，应提供充足证据进行陈述申辩，证明在交易过程中您并不知情发票为虚开，并已进行了合理的风险把控。
争取有利税务处理结果：
- 努力争取符合善意取得条件的税务处理结果，即免予承担虚开责任，仅需补缴已抵扣的进项税款，且不加收滞纳金。即使不符合善意取得条件，也应积极与税务机关沟通，提出合理的补缴税款方案，争取从轻处罚。
三、法律救济与追讨损失
提起民事赔偿诉讼：
- 依据与上游企业的合同，以对方违约为由提起民事诉讼，要求赔偿因虚开发票造成的经济损失。即使上游企业已经跑路，您也可以通过诉讼固定债权，待发现其有可供执行财产时申请强制执行。
关注刑事追赃进展：
- 如果上游企业的虚开发票行为构成犯罪，您应及时向司法机关申报损失，并参与刑事诉讼。在刑事追赃过程中，争取获得相应赔偿，并将刑事判决结果作为民事索赔的有力证据。
四、完善内部管理与风险防控
加强供应商管理：
- 对交易伙伴进行全面审查，包括其工商登记信息、税务信用等级等。确保合作对象的合法性和信誉度，降低未来发生类似风险的可能性。
优化发票管理流程：
- 建立严格的发票审核制度，核对发票票面信息，并通过官方渠道核实发票的真实性和有效性。确保每一张发票都符合税务规定，避免潜在的法律风险。
加强合同风险防范：
- 在合同中明确发票开具、提供的条款和责任。约定违约责任和赔偿责任，以便在发生纠纷时能够迅速、有效地维护自己的权益。
寻求专业法律支持：
- 在处理此类复杂问题时，寻求专业律师的法律支持至关重要。律师能够为您提供针对具体情况的法律建议和帮助，确保您的应对策略合法、有效。
综上所述，面对虚开发票人跑了的情况，您应综合运用税务合规、法律救济和风险防控等策略，以确保自身合法权益得到充分保护。希望这些建议能够对您有所帮助。