提了劳动仲裁后签的合作协议是否有效，需根据合作协议的具体性质、签订过程及内容来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合作协议的性质
若合作协议实质为劳动关系：
- 当合作协议中包含了工作内容、劳动报酬、工作时间、劳动保护等符合劳动关系特征的条款时，该协议产生的纠纷属于劳动争议范畴。
- 在此情况下，若双方在劳动仲裁过程中或仲裁后达成和解并签订合作协议，且该协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么该合作协议通常是有效的。它对双方当事人具有约束力，双方应当按照协议约定履行各自的义务。
若合作协议为纯粹民事合作关系：
- 当合作协议中不包含劳动关系特征条款，而是基于平等、自愿、公平的原则，就民事合作事项进行约定时，该协议属于民事合同。
- 对于此类协议，劳动仲裁并不直接决定其有效性。若协议内容合法、真实有效，且双方均具备签订合同所需的民事行为能力，意思表示真实，不违反法律或行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。
二、签订过程及内容
签订过程：
- 若合作协议是在双方平等、自愿、协商一致的基础上签订的，没有欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形，那么该协议的有效性更有保障。
- 反之，若协议是在一方当事人处于弱势地位、被迫签订的情况下达成的，或者存在重大误解等情形，那么该协议可能会被认定为无效或可撤销。
协议内容：
- 协议内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。例如，协议中不能约定违反劳动法规定的加班时间、工资标准等条款。
- 协议内容不得损害国家、集体或第三人的利益。例如，协议中不能约定逃避税收、侵犯他人知识产权等条款。
- 若协议内容与劳动仲裁的裁决结果相矛盾，一般以劳动仲裁的裁决结果为准。但如果双方在仲裁后自愿达成了新的协议，且该协议符合法律规定，那么该协议也可以作为双方的最终约定。
三、法律建议
在签订合作协议前：
- 双方应确保自身意思表示真实，不存在被欺诈或胁迫等情况。
- 协议内容应严格遵守法律法规，避免出现违法违规条款。
- 必要时，可寻求专业律师的帮助，对协议内容进行审查。
在履行合作协议过程中：
- 如遇纠纷，应依据协议约定及相关法律规定妥善解决。
- 若发现协议存在问题或对方不履行协议义务，应及时采取法律措施维护自身权益。
举例说明：假设您与某公司签订了一份合作协议，约定由您为公司提供某项服务，公司支付您相应的报酬。在合作过程中，双方发生了纠纷并提起了劳动仲裁。仲裁过程中或仲裁后，双方达成和解并重新签订了一份合作协议，对原协议中的某些条款进行了修改。只要这份新协议是在双方平等、自愿、协商一致的基础上签订的，且内容合法、真实有效，那么它就是有效的。
总之，提了劳动仲裁后签的合作协议是否有效，需根据合作协议的具体性质、签订过程及内容来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。