结论前置：公司要求员工在领取奖金时签字确认该款项为借款，这一做法是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，这种做法可能涉及违法或不合理情形。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动合同和工资支付的角度

1. 奖金的性质：奖金通常是公司对员工工作表现的一种奖励，属于劳动报酬的一部分。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，包括奖金。

2. 签字确认借款的合法性：如果公司要求员工在领取奖金时签字确认该款项为借款，这实际上改变了奖金的性质，将其从劳动报酬转变为借款。这种做法可能违反了劳动合同的约定和法律规定，因为员工并未实际借款，而是应得的劳动报酬。

3. 可能的法律后果：如果公司坚持这种做法，员工有权拒绝签字，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司按照劳动合同约定支付奖金。

二、从借款合同的角度

1. 借款合同的成立要件：借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款合同的成立需要双方真实的意思表示，且内容合法。

2. 签字确认借款的效力：如果员工在不知情或被迫的情况下签字确认奖金为借款，这种签字可能不具有法律效力。因为员工并未实际借款，也没有借款的真实意思表示。

3. 公司的风险：如果公司试图通过这种方式规避支付奖金的义务，可能面临法律风险。一旦员工提起劳动仲裁或诉讼，公司可能需要承担支付奖金、赔偿损失等法律责任。

三、建议与措施

1. 员工应谨慎签字：在面对公司要求签字确认奖金为借款时，员工应谨慎对待，不要轻易签字。可以要求公司出具书面说明，明确奖金的性质和支付方式。

2. 与公司沟通协商：如果员工对公司的做法有异议，可以与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。

3. 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时可以寻求律师的法律援助，以维护自己的合法权益。

总结：公司要求员工在领取奖金时签字确认该款项为借款的做法，可能涉及违法或不合理情形。员工应谨慎对待，不要轻易签字，并可以通过沟通协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。