若案件处于合同效力认定阶段，法院查明发包人事前已取得规划许可的，一般应认定建设工程施工合同有效。以下从不同角度展开分析：

从合同效力认定角度

1. 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。在建设工程施工合同领域，未取得规划许可等审批手续签订的合同，可能因违反效力性强制性规定而被认定无效。但若发包人事前已取得规划许可，说明合同签订的基础符合法定要求，不存在因规划许可缺失导致合同无效的情形。
2. 实际影响：规划许可是建设工程项目合法开展的前提条件之一。取得规划许可意味着项目在规划层面得到了相关部门的认可，符合城市规划和土地利用要求。在此情况下，建设工程施工合同具备了合法生效的重要条件，法院通常会认定合同有效，双方应按照合同约定履行各自义务。

从后续施工及验收角度

1. 施工合法性：发包人取得规划许可后，承包人可依据合法有效的合同进行施工。在施工过程中，只要承包人按照规划许可的要求和相关技术标准进行施工，一般不会因规划许可问题受到行政处罚或面临施工中断的风险。
2. 验收环节：项目完工后，规划许可是工程竣工验收的重要依据之一。由于发包人事前已取得规划许可，在验收过程中，只要工程实际建设情况与规划许可内容相符，就能顺利通过规划验收环节，进而推动整个工程的竣工验收工作，保障工程按时交付使用。

从纠纷解决角度

1. 争议焦点转移：在合同有效的前提下，若双方发生纠纷，争议焦点通常会从合同效力问题转移到其他方面，如工程质量、工程价款结算、工期延误责任等。法院会根据双方提供的证据和相关法律规定，对这些具体争议问题进行审理和判决。
2. 责任承担：当合同有效时，双方应按照合同约定承担各自的责任。如果因一方违约给对方造成损失，违约方应承担相应的赔偿责任。例如，若承包人未按合同约定完成工程，应承担逾期竣工的违约责任；若发包人未按合同约定支付工程款，应承担逾期付款的违约责任。

若案件处于其他特定情境（如涉及行政处罚等），处理方式会有所不同：

1. 涉及行政处罚时：如果发包人虽然取得了规划许可，但在施工过程中存在违反规划许可内容的行为，如擅自改变建筑用途、增加建筑面积等，行政主管部门可能会依据相关法律法规对其进行行政处罚。此时，法院在审理相关民事案件时，可能会考虑行政处罚对合同履行和双方权利义务的影响。例如，若行政处罚导致工程停工整改，可能会引发工期延误和费用增加等问题，法院会根据具体情况判断责任承担。
2. 涉及第三方权益时：在某些情况下，建设工程项目可能会涉及第三方权益，如相邻权人的权益。即使发包人取得了规划许可，但如果项目建设对相邻权人造成了不合理的影响，相邻权人可能会通过法律途径维护自己的权益。此时，法院在审理案件时，会综合考虑规划许可的合法性以及项目建设对第三方权益的影响，平衡各方利益。

在实际案件中，法院的处理方式还会受到具体案件事实、证据情况以及相关法律法规的适用等多种因素的影响。如果你有具体的法律问题或案件情况，欢迎直接向我咨询。