针对您提出的“法官明知对方不合法手段获取个人建设工程规划许可证打赢官司怎么处理”的问题，首先我要明确的是，法官作为司法机关的代表，其职责是公正、公平地审理案件，并依据法律和事实作出判决。如果发现对方通过不合法手段获取证据或进行诉讼活动，这确实是一个严肃的问题，需要采取相应措施来处理。

1. 法律原则与法官职责：

   • 法官在审判过程中应严格遵守法律，确保审判的公正性和合法性。
   • 如果法官发现一方当事人使用了不合法手段获取证据，他/她有权且应当对该证据进行排除，不予采纳。

2. 针对不合法手段获取建设工程规划许可证的处理：

   • 如果法官明知对方是通过不合法手段获取的建设工程规划许可证，并且这一事实在诉讼中被证实，那么该许可证作为关键证据将被排除。
   • 法官可能会进一步调查该不合法手段的具体情况，包括是否涉及伪造、贿赂等违法行为，并可能将此情况通报给相关执法机关进行进一步处理。

3. 对诉讼结果的影响：

   • 排除不合法手段获取的证据后，诉讼结果可能会因此发生变化。
   • 如果该证据是决定案件胜负的关键因素，那么排除该证据后，原判决可能会被撤销或改判。

4. 您的权益保护：

   • 如果您认为对方使用了不合法手段获取证据并赢得了官司，您有权向法院提出异议，要求重新审查证据。
   • 您也可以考虑向相关执法机关举报对方的违法行为，以维护自己的合法权益和社会公正。

综上所述，法官明知对方通过不合法手段获取建设工程规划许可证并打赢官司的情况，应当通过法律程序对该证据进行排除，并视情况对诉讼结果进行调整。同时，您作为当事人也有权采取相应措施来维护自己的权益。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。