结论：工程完工全额付完工程款再交质保金的做法，其合法性并非绝对，而是取决于双方合同的具体约定以及相关法律法规的规定。

一、合同约定优先

1. 合同自由原则：在建设工程领域，合同是双方权利义务的基础。如果合同中明确约定了“工程完工后全额支付工程款，之后再交质保金”的条款，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种做法就是合法的。双方应当按照合同约定履行各自的义务。

2. 合同解释与履行：如果合同中对质保金的支付时间和方式没有明确约定，或者约定不明确，那么双方应当根据合同的性质、目的和交易习惯进行解释和履行。在这种情况下，如果双方能够协商一致，按照协商的结果执行也是合法的。

二、法律法规的考量

1. 质保金的作用：质保金是建设工程合同中常见的一种担保方式，用于保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。如果法律法规对质保金的支付时间和方式有明确规定，那么双方应当遵守这些规定。

2. 法律法规的变动：需要注意的是，法律法规可能会随着时间和政策的变化而调整。因此，在判断“工程完工全额付完工程款再交质保金”是否合法时，还需要考虑当前有效的法律法规。如果法律法规明确禁止或限制了这种做法，那么双方就应当遵守法律法规的规定。

三、实际操作中的建议

1. 明确合同条款：为了避免纠纷和争议，建议在签订建设工程合同时，明确约定质保金的支付时间和方式。这样可以在工程完工后，按照合同约定进行操作，减少不必要的法律风险。

2. 遵守法律法规：在操作过程中，双方应当遵守相关法律法规的规定。如果法律法规对质保金的支付时间和方式有明确要求，那么双方就应当按照这些要求进行操作。

3. 协商解决争议：如果在合同履行过程中出现争议或纠纷，双方应当首先通过协商的方式解决。如果协商不成，可以寻求法律途径解决争议。

举例说明：假设一个建设工程合同中明确约定了“工程完工后，发包人应在收到承包人提交的竣工结算报告及结算资料后28天内支付工程款，并在支付工程款后的30天内，按照工程结算总价的5%预留质保金”。在这种情况下，如果双方按照合同约定履行了各自的义务，那么这种做法就是合法的。

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