针对您提出的“有土地纠纷但有施工证怎么办”的问题，这是一个涉及土地权属和法律程序的问题，需要细致且有条理地处理。以下是我为您提供的详细解答：

首先，核实施工证及土地权属证书的真实性与有效性是至关重要的。您需要确认施工证是否依法颁发，且其内容与土地权属证书（如土地证）是否一致，包括土地的位置、面积、用途等关键信息。同时，也要检查土地权属证书的颁发程序是否合规，有无争议或瑕疵。

接下来，依据证书明确土地权属范围。如果施工证和土地权属证书均真实有效，且无争议，那么您应依据这些证书所明确的土地权属范围来界定权益归属。这是解决土地纠纷的基础。

在明确了土地权属后，纠纷双方可先尝试自行协商。就争议问题，如施工范围是否超出土地权属范围、是否存在侵权行为等，进行坦诚的沟通，并尝试达成一致解决方案。自行协商是解决纠纷的最直接、最经济的方式。

如果协商不成，您可申请当地的土地管理部门进行调解。土地管理部门作为政府机构，具有专业的法律知识和调解经验，能够依据相关法律法规及证书情况，居中调解，促使双方达成和解。调解过程中，您应积极配合，提供必要的证据和信息。

若调解仍无法解决纠纷，您可依法向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要准备充分的证据，包括施工证、土地权属证书、纠纷相关的照片、视频、证人证言等，以证明您的权益。法院将根据事实和法律作出公正裁决，明确土地的最终归属及相关权益问题。

最后，我想强调的是，在整个处理过程中，您应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击，以免加剧纠纷。同时，也要尊重法律程序和裁决结果，依法维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。