结论是：合同总金额100万，分几次开票和分几次付款，在法律上并不要求必须与合同完全一致，但建议尽量保持一致或通过补充协议明确，以避免潜在风险。具体分析如下：
法律不强制要求完全一致
根据《民法典》及相关税法规定，合同履行中的付款和开票方式属于双方协商范畴。只要总金额、履行期限等核心条款与合同一致，分次付款和开票的具体安排（如次数、时间）可通过补充协议或实际履行行为调整，法律并不禁止。但需注意：
- 若合同明确约定“分次付款/开票的具体安排”（如每次金额、时间），则需按约定履行，否则可能构成违约；
- 若合同未明确约定分次细节，双方可通过实际履行行为（如对账单、确认函）达成一致，法律认可这种“事实履行”的效力。
建议尽量保持一致或明确补充协议
虽然法律不强制，但分次付款/开票与合同不一致可能引发以下风险：
- 税务风险：若开票金额、时间与实际收款不一致，可能被税务机关认定为“虚开发票”或“延迟纳税”，面临罚款或补税；
- 合同纠纷：若一方主张“分次安排未达成一致”，可能以“未按合同履行”为由要求解除合同或索赔；
- 证据风险：若未保留分次付款/开票的书面记录（如补充协议、对账单），发生纠纷时可能因证据不足败诉。
建议操作：
- 若需分次付款/开票，可在合同中增加“分次履行条款”（如“总金额100万，分3次付款，每次金额及时间如下…”）；
- 若合同未约定分次细节，可通过补充协议、邮件、微信等书面形式确认分次安排，并保留证据；
- 确保开票金额、时间与实际收款一致，避免税务风险。
- 特殊情况：政府采购或大型项目需注意
若合同涉及政府采购、建设工程等需严格监管的领域，分次付款/开票可能需符合财政部门或行业规范的要求（如按工程进度付款）。此时需提前与相关部门沟通，确保合规。
总结：法律不强制分次付款/开票与合同完全一致，但为避免风险，建议通过补充协议明确分次安排，并保留书面证据。若有具体合同条款或操作细节需进一步分析，可直接向我咨询。