三方协议只盖章没有法人签字，在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据合同的签订情况、内容以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合同有效的一般情况
公章的法定效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。公司公章作为公司对外意思表示的重要凭证，具有代表公司的法定效力。因此，在三方协议中，如果加盖了公司的公章，即使没有法人签字，也通常视为公司对合同内容的认可和承诺，合同依法成立并生效。
符合交易习惯或授权：
- 在商业实践中，如果三方根据交易习惯或以往合作模式，认可仅加盖公章即可使合同生效，那么此类合同有效。
- 若公司内部有明确规定，授权特定人员使用公章签订合同，则此类合同同样有效，无需法人额外签字。
履行治愈规则：
- 在签名、盖章或按指印之前，如一方已履行主要义务且对方接受，该合同也被视为已成立。即实际履行可以弥补形式上的不足，这在三方协议中同样适用。
二、合同可能无效或存在争议的情况
公章被伪造或盗用：
- 如果公章被他人伪造或盗用后加盖在三方协议上，且公司对此并不知情且未追认，则该合同无效。因为此时的盖章行为并非公司的真实意思表示。
存在法定无效事由：
- 合同内容若违反法律法规的强制性规定，或存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等法定无效情形，即使加盖了公章，合同也无效。这在三方协议中同样需要关注。
合同约定特别生效条件：
- 如果三方协议中特别约定了合同必须在签字并加盖公章后才生效，那么仅有公章而没有法人签名的合同不会生效。这是尊重当事人意思自治的体现，需要特别注意合同中的此类约定。
三、建议与总结
- 明确合同生效条件：为避免不必要的纠纷，建议在签订三方协议时明确约定合同的生效条件，包括是否需要法人签字等。
- 确保合同内容合法合规：合同内容应符合法律法规的规定，不违背公序良俗，以确保合同的合法性和有效性。
- 加强公章管理：公司在管理公章时应加强内部控制，防止公章被滥用或盗用，以确保公司合法权益不受侵害。
综上所述，三方协议只盖章没有法人签字在一般情况下是有效的，但具体效力还需结合合同的具体内容、当事人的约定以及法律法规的规定来确定。如果合同存在任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供准确的法律意见。